畜栏

doi：10.18129/b9.bioc.corral

单细胞数据的对应分析

生物导体版本：版本（3.15）

对应分析（CA）是一种矩阵分解方法，类似于主成分分析（PCA）。PCA设计用于连续应用，大约正态分布的数据，但CA适用于相同的加性量表的非计数，基于计数的数据。Coral软件包实现了CA，以减少单细胞数据的单个矩阵的维度，以及CA的多桌适应性，该适应利用数据优化的缩放量表来使从不同测序平台生成的数据对齐，通过投影到共享的潜在潜在空间中。Corral利用稀疏的矩阵和SVD的快速实现，可以直接在生物导体对象（例如单链体验）上调用，以便于管道集成。该软件包还包括其他选项，包括CA的变化，以解决计数数据中的过度分散，以及将CA风格处理应用于连续数据（例如，蛋白质组学TOF强度）的选项，并具有CA的Hellinger距离适应。

作者：Lauren Hsu [AUT，CRE]，Aedin Culhane [aut]

维护者：lauren hsu

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）Biocmanager :: install（“ Corral”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ Corral”）

html	R脚本	与畜栏的对齐
html	R脚本	用畜栏降低
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯
版本	1.6.0
在生物导体中	Bioc 3.12（R-4.0）（1。5年）
执照	GPL-2
要看
进口	GGPLOT2，，，，ggthemes，grdevices，栅格，，，，irlba，，，，矩阵， 方法，多亚sayExexperiment，，，，朋友，，，，RESHAPE2，，，，Singlecellexperiment，，，，总结性特征，，，，运输
链接
建议	ADE4，，，，生物使用，，，，蜂窝架，，，，DuoClustering2018，，，，尼特，，，，rmarkDown，，，，评分，，，，测试
系统要求
增强
URL
取决于我	奥斯卡
进口我
建议我
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构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	Corral_1.6.0.tar.gz
Windows二进制	Corral_1.6.0.zip
MacOS 10.13（高山脉）	Corral_1.6.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/corral
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：包装/畜栏
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/corral/
软件包下载报告	下载统计