cpvsnp.

DOI：10.18129 / b9.bioc.cpvsnp.

基因集分析方法对鉴定基因套中基因位于基因中的SNP关联p值

Bioconductor版本：释放（3.13）

存在基因集分析方法以将SNP级关联p值与基因集结合成基因集，计算每个基因集的单一关联p值。该包装实现了仅需要计算出的SNP P值的两种方法，感兴趣的基因组和相关矩阵（如果需要）。一种方法（GLOSSI）需要独立的SNP，另一个（VEGAS）可以考虑SNP中的相关性（LD）。内置绘图功能可用于帮助用户可视化结果。

作者：Caitlin MChugh，Jessica Larson和Jason Hackney

维护者：凯特琳MCHUGH

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.1”）并输入：

if（！procenameSpace（“biocmanager”，静静= true））install.packages（“biocmanager”）biocmanager ::安装（“cpvsnp”）

对于旧版本，请参阅相应的生物导体释放。

文件

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PDF.	r script.	使用“CPVSNP”包运行基因集分析
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细节

Biocviews.	2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯
版本	1.24.0
在生物导体中以来	BIOC 3.1（R-3.2）（6年）
执照	艺术-2.0
依靠	r（> = 2.10），基因组法那GSEABASE.（> = 1.24.0）
进口	方法，CORPCOR.那生物相投那ggplot2.那普利尔
链接到
建议	txdb.hsapiens.ucsc.hg19.knowngene.那运行那生物根系那ReportingTools.那生物焦
系统要求
加强
URL.
取决于我
进口我
建议我
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包档案包

跟随2021年欧洲杯比分预测 在r会话中使用此包的说明。

源包	cpvsnp_1.24.0.tar.gz.
Windows二进制文件	cpvsnp_1.24.0.zip.
Macos 10.13（高塞拉）	cpvsnp_1.24.0.tgz.
源存储库	git clone https://git.biocumon.org/packages/cpvsnp.
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.biocumon.org：包/ cpvsnp
包短网址	https://biocumon.org/packages/cpvsnp/
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