csaw

DOI:10.18129 / B9.bioc.csaw

基于Windows的芯片序列分析

Bioconductor版本:发布(3.12)

用滑动窗口检测ChIP-seq数据中的差分边界区域，采用归一化和适当的FDR控制方法。

作者:Aaron Lun [aut, cre]， Gordon smith [aut]

维护人员:阿伦伦<无限。猴子。with。键盘在gmail.com >

安装

要安装这个包，启动R(版本为“4.0”)并输入:

如果(!require ("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("csaw")

对于旧版本的R，请参阅适当的Bioconductor释放。

文档

要查看系统中安装的这个包的版本文档，启动R并输入:

browseVignettes(“csaw”)

超文本标记语言	R脚本	介绍
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细节

biocViews	2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯
版本	1.24.3
Bioconductor自	BioC 3.0 (R-3.1)(6.5年)
许可证	GPL-3
取决于	GenomicRanges,SummarizedExperiment
进口	Rcpp,矩阵,BiocGenerics,Rsamtools,刨边机,limma,GenomicFeatures,AnnotationDbi、方法、S4Vectors,IRanges,GenomeInfoDb统计数据,BiocParallel,跑龙套
链接	Rhtslib,zlibbioc,Rcpp
建议	org.Mm.eg.db,TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.knownGene,testthat,GenomicAlignments,knitr,BiocStyle,rmarkdown,BiocManager
SystemRequirements	GNU c++ 11日
增强了
URL
取决于我
进口我	diffHic,icetea,NADfinder,火神
建议我	chipseqDB,csawUsersGuide,tximport
我的链接
构建报告

包档案

遵循安装在你的R会话中使用这个包的说明。

源包	csaw_1.24.3.tar.gz
Windows二进制	csaw_1.24.3.zip(32位和64位)
macOS 10.13 (High Sierra)	csaw_1.24.3.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/csaw
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ csaw
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/csaw/
包下载报告	下载数据
BioC 3.12的旧源包	源存档