ctgGEM

DOI:10.18129 / B9.bioc.ctgGEM

从基因表达数据生成树层次可视化

Bioconductor版本:发行版(3.15)

基因表达矩阵的细胞树生成器(ctgGEM)通过多种现有工具从单细胞基因表达数据构建细胞状态层次结构，提高了可比性和可重复性。它支持来自monocle、cellTree、TSCAN、sincell和destiny的伪时间排序算法和可视化工具，并提供了与下游数据分析工作流和Cytoscape集成的统一输出格式。

作者:Mark Block [aut]， Carrie Minette [aut]， Evgeni Radichev [aut]， Etienne Gnimpieba [aut]， Mariah Hoffman [aut]， USD生物医学工程[aut, cre]

维护人员:USD Biomedical Engineering

安装

要安装此包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("ctgGEM")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“ctgGEM”)

超文本标记语言	R脚本	ctgGEM
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯
版本	1.7.0
在Bioconductor公司	BioC 3.11 (R-4.0)(2.5年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	单片眼镜，SummarizedExperiment
进口	Biobase，BiocGenerics，图形，grDevices，igraph，矩阵，方法，效用，sincell，TSCAN
链接
建议	BiocStyle，biomaRt，HSMMSingleCell，irlba，knitr，rmarkdown，VGAM
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
给我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	ctgGEM_1.7.0.tar.gz
Windows二进制	ctgGEM_1.7.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	ctgGEM_1.7.0.tgz
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/ctgGEM
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/ctgGEM
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/ctgGEM/
软件包下载报告	下载数据