Customprodb.

DOI：10.18129 / b9.bioc.customprodb.

从NGS数据生成定制的蛋白质数据库，专注于RNA-SEQ数据，用于蛋白质组学搜索

Bioconductor版本：释放（3.13）

数据库搜索是基于质谱的蛋白质组学研究中最广泛使用的肽和蛋白质鉴定方法。我们以前的研究表明，来自RNA-SEQ数据的特异性蛋白质数据库可以更好地近似样品中的真实蛋白质池，从而改善蛋白质鉴定。更重要的是，从RNA-SEQ数据鉴定的单核苷酸变化，短插入和缺失和新的结，使蛋白质数据库更完整和特定于样本。在这里，我们报告了一个RNApateProdb，可以从RNA-SEQ数据中轻松生成的自定义数据库进行蛋白质组学搜索。这项工作桥接基因组和蛋白质组学研究，促进了跨OMICS数据集成。

作者：萧晶王

维护者：Xiaojing Wang Bo Wen

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.1”）并输入：

if（！percenameSpace（“biocmanager”，静静= true））install.packages（“biocmanager”）biocmanager ::安装（“customprodb”）

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文件

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Biocviews.	2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯
版本	1.32.0
在生物导体中以来	BIOC 2.13（R-3.0）（7.5岁）
执照	艺术-2.0
依靠	r（> = 3.0.1），绞喉那annotationdbi.那生物雕（> = 2.17.1）
进口	S4Vectors.（> = 0.9.25），DBI.那Genomeinfodb.那Genomicranges.那RSAMTOOLS.（> = 1.10.2），基因管理那生物仪器（> = 2.26.3），基因组法（> = 1.32.0），stringr.那rcurl.那普利尔那VariantAnnotation.（> = 1.13.44），rtracklayer.那rsqlite.那ahocorasicktrie.， 方法
链接到
建议	rmariadb.那bsgenome.hsapiens.ucsc.hg19
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包档案包

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源包	customprodb_1.32.0.tar.gz.
Windows二进制文件	customprodb_1.32.0.zip.
Macos 10.13（高塞拉）	customprodb_1.32.0.tgz.
源存储库	git clone https://git.biocumon.org/packages/customprodb.
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.biocondion.org：包/自定义本质
包短网址	https://biocumon.org/packages/customprodb/
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