decomptumor2sig

DOI：10.18129 / b9.bioc.decomptumor2sig

通过签名改装将个体肿瘤分解成突变签名

Bioconductor版本：释放（3.13）

Uses quadratic programming for signature refitting, i.e., to decompose the mutation catalog from an individual tumor sample into a set of given mutational signatures (either Alexandrov-model signatures or Shiraishi-model signatures), computing weights that reflect the contributions of the signatures to the mutation load of the tumor.

作者：Rosario M. Piro [Aut，Cre]，Sandra Krueger [CTB]

维护者：Gmail.com的rosario M.Piro

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.1”）并输入：

if（！percennamespace（“biocmanager”，squilly = true））install.packages（“biocmanager”）biocmanager ::安装（“decomptumor2sig”）

对于旧版本，请参阅相应的生物导体释放。

文件

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Biocviews.	2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯
版本	2.8.0
在生物导体中以来	BIOC 3.9（R-3.6）（2年）
执照	GPL-2
依靠	r（> = 4.0），ggplot2.
进口	方法，矩阵那Quadprog.（> = 1.5-5），Genomicranges.，统计，基因组法那生物仪器那生物根系那S4Vectors.那普利尔，实用程序，图形，bsgenome.hsapiens.ucsc.hg19那txdb.hsapiens.ucsc.hg19.knowngene.那VariantAnnotation.那概括分析那ggseqlogo.那格拉底那data.table.那Genomeinfodb.那readxl.
链接到
建议	kn那RAMAMAMDOW.那生物焦
系统要求
加强
URL.	http://rmpiro.net/decomptumor2sig/https://github.com/rmpiro/decomptumor2sig
Bugreports.	https://github.com/rmpiro/decomptumor2sig/issues.
取决于我
进口我	Musicatk.
建议我
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包档案包

跟随2021年欧洲杯比分预测 在r会话中使用此包的说明。

源包	decomptumor2sig_2.8.0.tar.gz.
Windows二进制文件	decomptumor2sig_2.8.0.zip.
Macos 10.13（高塞拉）	decomptumor2sig_2.8.0.tgz.
源存储库	git clone https://git.biocumon.org/packages/decomptumor2sig
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.biocondion.org：包/ decomptumor2sig
包短网址	https://biocumon.org/packages/decomptumor2sig/
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