德内捷德

DOI：10.18129 / b9.bioc.derfinder.

通过DER Finder方法对基侧分辨率进行RNA-SEQ数据的注释 - 不可知的差异表达分析

Biocometiond版本：释放（3.12）

该包提供了RNA-SEQ数据的注释 - 不可知差异表达分析的功能。DER Finder方法的两种实现包含在此包中：（1）单个基础级F统计和（2）在表达区域级别识别。Der Finder方法也可用于识别差分有界芯片SEQ峰值。

作者：Leonardo Collado-Torres [Aut，CRE]，Alyssa C. Freazee [CTB]，Andrew E. Jaffe [Aut]，Jeffrey T. Leek [Aut，THS]

维护者：Leonardo Collado-Torres

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.0”）并输入：

if（！percennamespace（“biocmanager”，squilly = true））install.packages（“biocmanager”）biocmanager ::安装（“derfinder”）

对于旧版本，请参阅相应的生物导体释放。

文件

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BROWSEVIGNETTES（“Derfinder”）

HTML.	r script.	Derfinder快速入门指南
HTML.	r script.	Derfinder用户指南
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细节

Biocviews.	2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯
版本	1.24.2
在生物导体中以来	BIOC 3.0（R-3.1）（6.5岁）
执照	艺术-2.0
依靠	r（> = 3.5.0）
进口	生物根系（> = 0.25.1），annotationdbi.（> = 1.27.9），生物相投（> = 1.15.15），Bumphunter.（> = 1.9.2），derfinderhelper.（> = 1.1.0），genomeinfodb.（> = 1.3.3），基因管理那基因组法那基因组夫妇那Genomicranges.（> = 1.17.40），HMISC.那绞喉（> = 2.3.23），方法，qvalue.（> = 1.99.0），RSAMTOOLS.（> = 1.25.0），rtracklayer.那S4Vectors.（> = 0.23.19），统计数据，utils
链接到
建议	生物焦（> = 2.5.19），sessioninfo.那derfinderdata.（> = 0.99.0），derfinderplot那deseq2.那ggplot2.那kn（> = 1.6），林马那refmanager.那RAMAMAMDOW.（> = 0.3.3），testthat.（> = 2.1.0），txdb.hsapiens.ucsc.hg19.knowngene.那Covr.
系统要求
加强
URL.	https://github.com/lcolladotor/derfinder.
Bugreports.	https://support.biocumon.org/t/derfinder/
取决于我
进口我	脑流量体面那derfinderplot那基因组那叙事那revountworkflow.那RegionReport.
建议我	Megadepth.
链接给我
建立报告

包档案包

跟随安装在r会话中使用此包的说明。

源包	derfinder_1.24.2.tar.gz.
Windows二进制文件	derfinder_1.24.2.2.zip.
Macos 10.13（高塞拉）	derfinder_1.24.2.tgz.
源存储库	git clone https://git.biocumon.org/packages/derfinder.
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.biocondion.org：包/德内捷
包短网址	https://biocumon.org/packages/derfinder/
包裹下载报告	下载统计信息
BIOC 3.12的旧源包	源档案