edger.

DOI：10.18129 / b9.bioc.edger.

r的数字基因表达数据的实证分析

Biocometiond版本：释放（3.12）

具有生物复制的RNA-SEQ表达谱的差异表达分析。基于负二项份分布实现一系列统计方法，包括经验贝叶斯估计，精确测试，广义线性模型和准可能性测试。以及RNA-SEQ，它适用于产生读数的其他类型基因组数据的差分信号分析，包括芯片-SEQ，ATAC-SEQ，Bisulfite-SEQ，Sage和笼。

作者：云顺陈，亚伦TL LUN，戴维斯J麦卡锡，Matthew E Ritchie，Belinda Phipeon，Yifang Hu，Xiaobei Zhou，Mark D Robinson，Gordon K Smyth

维护者：Yunshun Chen ，Gordon Smyth ，Aaron Lun Mark Robinson

引文（从R内，输入引文（“edger”））：

安装

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if（！procenameSpace（“biocmanager”，squilly = true））install.packages（“biocmanager”）biocmanager ::安装（“edger”）

对于旧版本，请参阅相应的生物导体释放。

文件

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细节

Biocviews.	2021年欧洲杯那2021年欧洲杯那2021年欧洲杯那2021年欧洲杯那2021年欧洲杯那2021年欧洲杯那2021年欧洲杯那2021年欧洲杯那2021年欧洲杯那2021年欧洲杯那2021年欧洲杯那2021年欧洲杯那2021年欧洲杯那2021年欧洲杯那2021年欧洲杯那2021年欧洲杯那2021年欧洲杯那2021年欧洲杯那2021年欧洲杯那2021年欧洲杯那2021年欧洲杯那2021年欧洲杯那2021年欧洲杯那2021年欧洲杯那2021年欧洲杯那2021年欧洲杯那2021年欧洲杯那2021年欧洲杯那2021年欧洲杯那2021年欧洲杯那2021年欧洲杯
版	3.32.0
在生物导体中以来	BIOC 2.3（R-2.8）（12岁）
执照	GPL（> = 2）
依靠	r（> = 3.6.0），林马（> = 3.41.5）
进口	方法，图形，统计数据，UIL，Locfit.那rcpp.
链接到	rcpp.
建议	雅思石那读书那RHDF5.，花键，BioBase.那annotationdbi.那概括分析那org.hs.eg.db.
系统要求	C ++ 11.
加强
URL.	http://bioinf.wehi.edu.au/edger https://biocumon.org/packages/edger.
取决于我	Aspli.那DBCHIP.那edda.那EGSEA123那利益那甲基汞那Reactomegsa.data.那RNASEQ123那rnaseqdtu.那rnaseqgeneedgerql.那rnaseqr.那rnaseqsamplesizatiodata.那Ruvseq.那仙人掌那TCC.那翻译
进口我	倍感工具那Anota2seq.那ArrayExpresshts.那Atacseqqc.那适华那贝凯那Bioqc.那Chromscape.那Circrnaprofiler.那丁浓缩那cnvranger.那Compcoder.那共识那COSEQ.那countsimqc.那CSAW.那Damireseq.那德布雷斯勒那decomplexdisease.那畸形那重新评估那去掉那diffcyt.那Diffhic.那差异那dittoseq.那dmrcate.那辅修那德里姆瑟克那Dropletuls.那easyrnaseq.那edda.那EEGC.那EGSEA.那Eisar.那enrichmentbrowser.那erccdashboard.那erssa.那gdcrnatools.那光明那GSEABENCHMARMARL那htsfilter.那冰茶那地狱那IsoformSwitchAnalyzer.那Mobsseq.那Maaslin2.那冰雹那metaseqr.那METASEQR2.那米格莎那MLSEQ.那msgbsr.那msmstests.那多种审核那马斯喀特那nbsplice.那实证那正确那Psichomics.那rcm.那revountworkflow.那regsplice.那repitools.那ReportingTools.那rnaseqmap.那RNASEQSAMPLESIZE.那罗斯克那SCCB2.那SCDE.那烤那斯那setools.那SIMD.那singlecellsignalr.那斯嘉西尔那singscoreamlmutations.那spatialheatmap.那泼溅那Spsimseq.那议案那SVA.那svaplsseq.那Systempiper.那TBSignatureProfiler.那Tcseq.那TimeSeriesexperiment.那TRADESEQ.那TweedeSeQ.那vidger.那纱那Zinbwave.
建议我	ABSSEQ.那重音那生物室那比特查那CageWorkflow.那chipseqdb.那classifyr.那clonotyper那CQN.那CsawUsersGuide.那Cydar.那dcanr.那亲爱的那descan2.那Easyreporting.那edaseq.那吐那Gcrisprtools.那基因管理那Genomicranges.那glmgampoi.那Goseq.那GROHMM那GSAR.那GSVA.那理想那Iseeu.那JCTSeqdata.那Leebamviews.那MissMethyl.那多米尔那RegionReport.那RibosomeProfiling QC那SEQGATE.那SSPA.那stager.那潜艇那摘要博马克那tcgabiolinks.那Tidybulk.那Topaseq.那TopConfects.那tximeta.那tximport.那variancepartition.那Weitrix.那扳手那ZFPKM.
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包档案包

跟随安装在r会话中使用此包的说明。

源包	Edger_3.32.0.tar.gz.
Windows二进制文件	edger_3.32.0.zip.（32-＆64位）
Macos 10.13（高塞拉）	edger_3.32.0.tgz.
源存储库	git clone https://git.biocumon.org/packages/edger.
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.biocondion.org：包装/ edger
包短网址	https://biocumon.org/packages/edger//
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