fastseg

doi：10.18129/b9.bioc.fastseg

FastSeg-快速分割算法

生物导体版本：版本（3.15）

FastSeg实现了非常快速有效的分割算法。它具有与DNACOPY相似的功能（Olshen和Venkatraman 2004），但更快，更灵活。FastSeg可以从DNA微阵列和下一代测序中的数据分割数据，例如检测副本编号段。此外，它可以从RNA微阵列（例如瓷砖阵列）分割数据以识别成绩单。通常，它可以将给出的数据分割为矩阵或向量。各种数据格式可以用作fastSeg的输入，例如用于微阵列的表达式设置对象或用于测序数据的granges。FASTSEG的分割标准基于贝叶斯框架中的统计检验，即网络t检验（Baldi 2001）。速度是由于事实引起的，即FastSeg不需要采样，并且使用动态编程方法来计算片段的第一和更高阶段。

作者：Guenter Klambauer

维护者：Guenter Klambauer

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）Biocmanager :: install（“ fastseg”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

browsevignettes（“ fastseg”）

PDF	R脚本	FastSeg：R包的手册
PDF		参考手册

细节

生物浏览	2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯
版本	1.42.0
在生物导体中	Bioc 2.9（R-2.14）（10。5年）
执照	LGPL（> = 2.0）
要看	r（> = 2.13），基因组机，，，，生物酶
进口	方法，图形，统计信息，生物基因，，，，S4VECTORS，，，，iranges
链接
建议	DNACOPIGY，，，，奥利戈
系统要求
增强
URL	http://www.bioinf.jku.at/software/fastseg/fastseg.html
取决于我
进口我	甲基库
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	fastSeg_1.42.0.tar.gz
Windows二进制	fastSeg_1.42.0.zip
MacOS 10.13（高山脉）	fastSeg_1.42.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/fastseg
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/fastseg
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/fastseg/
软件包下载报告	下载统计