生物导体版本:版本(3.15)
Fishpond包含用于使用推断的重复作用的RNA-SEQ数据差异转录本和基因表达分析的方法,这些重复是通过Gibbs采样或Bootstrap采样产生的,对丰度定量的不确定性。该软件包还包含许多用于使用鲑鱼和Alevin量化文件的实用程序。
作者:Anqi Zhu [AUT,CTB],Michael Love [AUT,CRE],Avi Srivastava [AUT,CTB],Rob Patro [Aut,CTB],Joseph Ibrahim [AUT,CTB],Hirak Sarkar [CTB],Euphy Wu[CTB],Noor Pratap Singh [CTB],Scott Van Buren [CTB],Dongze He [CTB],Steve Lianoglou [CTB],Wes Wilson [CTB],Jeroen Gilis [CTB]
维护者:迈克尔·洛夫(Michael Love)
引用(从r内,输入引用(“鱼池”)
):
要安装此软件包,请启动R(版本“ 4.2”)并输入:
if(!quired(“ Biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ biocmanager”)biocmanager :: install(“ fishpond”)
对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放。
要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:
Browsevignettes(“ Fishpond”)
html | R脚本 | 1. Swish:DE分析会计推理不确定性 |
html | R脚本 | 2. Seesaw-鲑鱼和旋转的等位基因表达分析 |
参考手册 | ||
文本 | 消息 |
生物浏览 | 2021年欧洲杯 ,,,,2021年欧洲杯 ,,,,2021年欧洲杯 ,,,,2021年欧洲杯 ,,,,2021年欧洲杯 ,,,,2021年欧洲杯 ,,,,2021年欧洲杯 ,,,,2021年欧洲杯 ,,,,2021年欧洲杯 ,,,,2021年欧洲杯 ,,,,2021年欧洲杯 ,,,,2021年欧洲杯 ,,,,2021年欧洲杯 ,,,,2021年欧洲杯 |
版本 | 2.2.0 |
在生物导体中 | Bioc 3.9(R-3.6)(3.5岁) |
执照 | GPL-2 |
要看 | |
进口 | 图形,统计,utils,方法,艾宾,,,,gtools,,,,QVALUE,,,,S4VECTORS,,,,iranges,,,,总结性特征,,,,基因组机,,,,矩阵,,,,SVMISC,,,,RCPP,,,,矩阵,,,,Singlecellexperiment,,,,jsonlite |
链接 | RCPP |
建议 | 测试,,,,尼特,,,,rmarkDown,,,,巨噬细胞,,,,tximeta,,,,org.hs.eg.db,,,,萨姆,,,,deseq2,,,,apeglm,,,,tximportdata,,,,林玛,,,,Ensembldb,,,,ensdb.hsapiens.v86,,,,GenomicFeatures,,,,AnnotationDbi,,,,pheatmap,,,,GVIZ,,,,GenomeInfodB,,,,Data.Table |
系统要求 | C ++ 11 |
增强 | |
URL | https://github.com/mikelove/fishpond |
取决于我 | |
进口我 | Singlecelltk |
建议我 | tximeta,,,,tximport |
链接到我 | |
构建报告 |
跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。
源包 | fishpond_2.2.0.tar.gz |
Windows二进制 | fishpond_2.2.0.zip |
MacOS 10.13(高山脉) | fishpond_2.2.0.tgz |
源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/fishpond |
源存储库(开发人员访问) | git clone git@git.bioconductor.org:包装/fishpond |
包装短URL | //www.andersvercelli.com/packages/fishpond/ |
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