Genextender.

DOI：10.18129 / b9.bioc.genextender

CHIP-SEQ数据的优化功能注释

Biocometiond版本：释放（3.12）

Genextender通过探讨注释芯片-SEQ峰峰集中的相对差异来优化芯片SEQ峰的功能注释。与现有技术相比，Genextender超出了最近最接近基因的峰值注释，允许用户看到第一个最接近基因，第二最近基因，...，N-Closent基因的峰值概述统计数据，而根据生物学排名输出。相关事件和迭代地比较峰对基因重叠的保真度在每个基因坐标的原始边界上的用户定义的上游和下游扩展范围内。由于不同的芯片SEQ峰值呼叫者产生不同的差异富集的峰，因此具有峰值长度分布的大方差和总峰值计数，因此具有最近基因的注释峰值列表通常可以是嘈杂的过程。因此，Genextender的目的是利用各自的基因稳健链接差异富集的峰，从而促进在QPCR期间为一组前瞻性基因候选的引物设计实验后续和验证。

作者：Bohdan Khomtchouk [Aut，Cre]，William Koehler [Aut]

维护者：Bohdan Khomtchouk

安装

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if（！properenamespace（“biocmanager”，squilly = true））install.packages（“biocmanager”）biocmanager ::安装（“genextender”）

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文件

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细节

Biocviews.	2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯
版本	1.16.0
在生物导体中以来	BIOC 3.4（R-3.3）（4.5岁）
执照	GPL（> = 3）
要看	rtracklayer.那go.db.，r（> = 3.5.0）
进口	data.table.那dplyr.，图形，NetworkD3.那rcolorbrewer.那雪球那Tm值，实用，WordCloud.那annotationdbi.那生物焦那org.rn.eg.db.
链接到
建议	kn那RAMAMAMDOW.那testthat.那org.ag.eg.db.那org.bt.eg.db.那org.ce.eg.db.那org.cf.eg.db.那org.dm.eg.db.那org.dr.eg.db.那org.gg.eg.db.那org.hs.eg.db.那org.mm.eg.db.那org.pt.eg.db.那org.sc.sgd.db.那org.ss.eg.db.那org.xl.eg.db.那rtracklayer.
系统要求
加强
URL.	https://github.com/bohdan-khomtchouk/genextender.
Bugreports.	https://github.com/bohdan-khomtchouk/genextender/issues.
取决于我
进口我
建议我
链接给我
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包档案包

跟随安装在r会话中使用此包的说明。

源包	genextender_1.16.0.tar.gz.
Windows二进制文件	genextender_1.16.0.zip.
Macos 10.13（高塞拉）	genextender_1.16.0.tgz.
源存储库	git clone https://git.biocumon.org/packages/genextender.
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.biocondion.org：包/ genextender
包短网址	https://biocumon.org/packages/genextender/
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