getDEE2

DOI:10.18129 / B9.bioc.getDEE2

程序化访问DEE2 RNA表达数据集

Bioconductor版本:Release (3.15)

数字表达资源管理器2(简称DEE2)是一个以计数形式处理RNA-seq数据的存储库。它的设计使研究人员可以快速轻松地对已发表的RNA-seq研究进行重新分析和元分析。截至2020年4月，已经处理了超过100万个SRA数据集。这个包提供了一个R接口来访问这些表达式数据。关于DEE2项目的更多信息可以在项目主页(http://dee2.io)和主要出版物(https://doi.org/10.1093/gigascience/giz022)上找到。

作者:Mark Ziemann [aut, cre]， Antony Kaspi [aut]

维护者:Mark Ziemann < Mark。Ziemann在gmail.com>

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“getDEE2”)

超文本标记语言	R脚本	getDEE2
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯
版本	1.6.0
在Bioconductor	BioC 3.12 (R-4.0)(1.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 4.0)
进口	属性,跑龙套,SummarizedExperiment，htm2txt
链接
建议	knitr，testthat，rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/markziemann/getDEE2
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	getDEE2_1.6.0.tar.gz
Windows二进制	getDEE2_1.6.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	getDEE2_1.6.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/getDEE2
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/getDEE2
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/getDEE2/
软件包下载报告	下载数据