ggbio

DOI:10.18129 / B9.bioc.ggbio

基因组数据可视化工具

生物导体版本:发布(3.13)

ggbio包扩展并专门用于生物数据的图形语法。这些图形被设计用来回答常见的科学问题，特别是那些经常被问到的高通量基因组数据。支持所有核心Bioconductor数据结构。该包支持特定基因组区域的详细视图，以及全基因组概述。支持的概述包括表意文字和大的线性视图。高级图包括序列片段长度，边缘连接间隔到数据视图，错配堆积，以及若干剪接摘要。

作者:尹腾飞，迈克尔·劳伦斯，黛安·库克，约翰内斯·雷纳

维持者:Michael Lawrence

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!require ("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

有关较旧版本的R，请参阅适当的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的软件包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“ggbio”)

PDF		第0部分:介绍和快速入门
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯
版本	1.40.0
Bioconductor自	BioC 2.9 (R-2.14)(9.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	方法,BiocGenerics，ggplot2(> = 1.0.0)
进口	grid, grDevices, graphics, stats, utils，gridExtra，尺度，reshape2，gtable，Hmisc，biovizBase(> = 1.29.2),Biobase，S4Vectors(> = 0.13.13),IRanges(> = 2.11.16),GenomeInfoDb(> = 1.1.3),GenomicRanges(> = 1.29.14),SummarizedExperiment，Biostrings，Rsamtools(> = 1.17.28),GenomicAlignments(> = 1.1.16),BSgenome，VariantAnnotation(> = 1.11.4),rtracklayer(> = 1.25.16),GenomicFeatures(> = 1.29.11),OrganismDbi，GGally，ensembldb(> = 1.99.13),AnnotationDbi，AnnotationFilter，rlang
链接
建议	vsn，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19，Homo.sapiens，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene，TxDb.Mmusculus.UCSC.mm9.knownGene，knitr，BiocStyle，testthat，EnsDb.Hsapiens.v75，tinytex
SystemRequirements
增强了
URL	http://tengfei.github.com/ggbio/
BugReports	https://github.com/tengfei/ggbio/issues
取决于我	咖啡馆，intansv
进口我	derfinderPlot，GenomicOZone，msgbsR，R3CPET，ReportingTools，RiboProfiling，颈背，SomaticSignatures
建议我	bambu，beadarray，ensembldb，gwascat，IHWpaper，interactiveDisplay，NanoporeRNASeq，NanoStringNCTools，π，regionReport，RnBeads，Single.mTEC.Transcriptomes，SomaticCancerAlterations，StructuralVariantAnnotation，universalmotif
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	ggbio_1.40.0.tar.gz
Windows二进制	ggbio_1.40.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	ggbio_1.40.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ggbio
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ ggbio
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/ggbio/
包下载报告	下载数据