Girafe.

DOI：10.18129 / b9.bioc.girafe.

基因组间隔和读取对齐的功能探索

Bioconductor版本：释放（3.13）

包装'Girafe'处理来自下一代测序数据的对齐读取的基因组级表示。它包含一个对象类，用于使基因组间隔的详细描述具有对齐的读取和功能，用于比较，可视化，导出和使用这种间隔和对齐的读取。因此，包装与包装短read，绞盘和基因组内的链接相互作用并提供联系。

作者：Joern Toedling，来自Constance Ciaudo，Olivier Voinnet，Edith Heard，Emmanuel Barillot和Wolfgang Huber的贡献

维护者：J. Toedling

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.1”）并输入：

if（！procennamespace（“biocmanager”，静静= true））install.packages（“biocmanager”）biocmanager ::安装（“girafe”）

对于旧版本，请参阅相应的生物导体释放。

文件

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PDF.	r script.	基因组间隔和读取对齐的功能探索
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细节

Biocviews.	2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯
版本	1.44.0
在生物导体中以来	BIOC 2.6（R-2.11）（11年）
执照	艺术-2.0
依靠	R（> = 2.10.0），方法，生物根系（> = 0.13.8），S4Vectors.（> = 0.17.25），RSAMTOOLS.（> = 1.31.2），间隔（> = 0.13.1），缩短（> = 1.37.1），GenomeIntervals.（> = 1.25.1），网格
进口	方法，BioBase.那生物仪器（> = 2.47.6），图形，GRDEVICE，统计数据，UIL，绞喉（> = 2.13.12）
链接到
建议	大量的那org.mm.eg.db.那rcolorbrewer.
系统要求
加强	GenomeIntervals.
URL.
取决于我
进口我
建议我
链接给我
建立报告

包档案包

跟随2021年欧洲杯比分预测 在r会话中使用此包的说明。

源包	girafe_1.44.0.tar.gz.
Windows二进制文件	girafe_1.44.0.zip.
Macos 10.13（高塞拉）	girafe_1.44.0.tgz.
源存储库	git clone https://git.biocumon.org/packages/girafe.
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.biocondudard.org：包装/ girafe
包短网址	https://biocumon.org/packages/girafe/
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