Glmsparsenet

doi：10.18129/b9.bioc.glmsparsenet

弹性网络正规化模型的网络中心度指标

生物导体版本：版本（3.15）

GLMSPARSENET是一种R包装，当特征（例如基因）具有图形结构（例如蛋白质 - 蛋白质相互作用）时，可以概括稀疏回归模型，包括基于网络的正规化器。Glmsparsenet使用GLMNET R包装，通过将网络的中心度度量作为正规化中的惩罚权重。当前版本通过节点度（即通过促进溶液中的集线器或溶液中的孤儿基因）实现正则化。支持所有GLMNET分销家族，即“高​​斯”，“泊松”，“二项式”，“多项式”，“ Cox”和“ Mgaussian”。

作者：AndréVeríssimo[Aut，Cre]，Susana Vinga [aut]，Eunice Carrasquinha [CTB]，Marta Lopes [CTB]

维护者：Andréveríssimo

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）Biocmanager :: install（“ Glmsparsenet”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ Glmsparsenet”）

html	R脚本	使用String DB的网络的乳房生存数据集
html	R脚本	分类的示例 - 乳房侵入性癌
html	R脚本	生存数据的示例 - 乳房侵入性癌
html	R脚本	生存数据的示例 - 前列腺腺癌
html	R脚本	生存数据的示例 - 皮肤黑色素瘤
html	R脚本	Cox回归中的2组
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯
版本	1.14.1
在生物导体中	Bioc 3.8（R-3.5）（3.5岁）
执照	GPL-3
要看	r（> = 4.1），矩阵，，，，多亚sayExexperiment，，，，Glmnet
进口	总结性特征，，，，Biomart，，，，徒劳，，，，徒劳，，，，福卡，utils，dplyr，，，，胶水，，，，readr，，，，消化，，，，httr，，，，GGPLOT2，，，，幸存者，，，，RESHAPE2，，，，Stringr，平行，方法
链接
建议	测试，，，，尼特，，，，rmarkDown，，，，生存，，，，survomp，，，，Proc，，，，Venndiagram，，，，生物使用，，，，策展，，，，tcgautils
系统要求
增强
URL	https://www.github.com/sysbiomed/glmsparsenet
BugReports	https://www.github.com/sysbiomed/glmsparsenet/issues
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	glmsparsenet_1.14.1.tar.gz
Windows二进制	glmsparsenet_1.14.1.zip（仅64位）
MacOS 10.13（高山脉）	glmsparsenet_1.14.1.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/glmsparsenet
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/glmsparsenet
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/glmsparsenet/
软件包下载报告	下载统计
Bioc 3.15的旧源软件包	来源存档