GMAPR.

DOI：10.18129 / b9.bioc.gmapr.

GMAP / GSNAP / GSTERS套件的R接口

Bioconductor版本：释放（3.13）

GSNAP和GMAP是一对工具，可对齐Tom Wu写入的短读数据。此包提供了使用GMAP和GSNAP在R中使用的便利性方法，但另外，使用BAM_tally工具为每核苷酸的基础进行计数对准的方法。

作者：Cory Barr，Thomas Wu，Michael Lawrence

维护者：Michael Lawrence

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.1”）并输入：

if（！percennamespace（“biocmanager”，squilly = true））install.packages（“biocmanager”）biocmanager ::安装（“gmapr”）

对于旧版本，请参阅相应的生物导体释放。

文件

要查看系统中安装此包版本的文档，请启动r并输入：

BROWSEVIGNETTES（“GMAPR”）

PDF.	r script.	GMAPR.
PDF.		参考手册
文本		消息

细节

Biocviews.	2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯
版本	1.34.0
在生物导体中以来	BIOC 2.11（R-2.15）（8.5岁）
执照	艺术-2.0
依靠	R（> = 2.15.0），方法，Genomeinfodb.（> = 1.1.3），Genomicranges.（> = 1.31.8），RSAMTOOLS.（> = 1.31.2）
进口	S4Vectors.（> = 0.17.25），绞喉（> = 2.13.12），生物根系（> = 0.25.1），rtracklayer.（> = 1.39.7），基因组法（> = 1.31.3），生物仪器那VariantAnnotation.（> = 1.25.11），工具，BioBase.那bsgenome.那基因管理（> = 1.15.6），生物相投
链接到
建议	运行那bsgenome.dmelanogaster.ucsc.dm3.那bsgenome.scerevisiae.ucsc.saccer3.那org.hs.eg.db.那txdb.hsapiens.ucsc.hg19.knowngene.那bsgenome.hsapiens.ucsc.hg19.那Lungcancerlines
系统要求
加强
URL.
取决于我	htseqgenie.
进口我	mmapp2.
建议我	Varianttools.那Varianttoolsdata.
链接给我
建立报告

包档案包

跟随2021年欧洲杯比分预测 在r会话中使用此包的说明。

源包	gmapr_1.34.0.tar.gz.
Windows二进制文件
Macos 10.13（高塞拉）	gmapr_1.34.0.tgz.
源存储库	git clone https://git.biocumon.org/packages/gmapr.
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.biocondion.org：包/ gmapr
包短网址	https://biocumon.org/packages/gmapr/
包裹下载报告	下载统计信息