h5vc

DOI:10.18129 / B9.bioc.h5vc

使用hdf5后端管理对齐计数

生物导体版本:发布(3.12)

这个包包含功能，以交互的计数数据从NGS实验存储在HDF5文件。

作者:Paul Theodor Pyl

维护者:保罗·Theodor Pyl <保罗·Theodor。所有gmail.com >

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!安装BiocManager::install("h5vc")

有关较旧版本的R，请参阅适当的Bioconductor释放。

文档

要查看系统中安装的软件包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“h5vc”)

超文本标记语言	R脚本	构建一个最小的基因组浏览器与h5vc和闪亮
超文本标记语言	R脚本	h5vc——旅游
PDF		参考手册

细节

biocViews	2021年欧洲杯
版本	2.24.0
Bioconductor自	BioC 2.13 (R-3.0)(7.5年)
许可证	GPL (> = 3)
取决于	网格,gridExtra,ggplot2
进口	rhdf5,重塑,S4Vectors,IRanges,Biostrings,Rsamtools(> = 1.99.1)、方法GenomicRanges,abind,BiocParallel,BatchJobs,h5vcData,GenomeInfoDb
链接	Rhtslib(> = 1.15.3)
建议	knitr,locfit,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19,biomaRt,BSgenome.Hsapiens.NCBI.GRCh38,RUnit,BiocGenerics
SystemRequirements	GNU使
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我	h5vcData
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	h5vc_2.24.0.tar.gz
Windows二进制	h5vc_2.24.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13 (High Sierra)	h5vc_2.24.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/h5vc
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ h5vc
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/h5vc/
包下载报告	下载数据