hiReadsProcessor

DOI:10.18129 / B9.bioc.hiReadsProcessor

从454/Illumina数据处理LM-PCR读取功能

生物导体版本:发布(3.13)

hiReadsProcessor包含一组功能，允许用户使用任何平台处理LM-PCR测序产品。给定一个包含解复用和样本元数据参数的excel/txt文件，该功能可以自动修剪适配器和识别基因组产品。基因组产物被进一步加工用于质量控制和定量。

作者:Nirav V Malani

维护者:Nirav V Malani

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!require ("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

有关较旧版本的R，请参阅适当的Bioconductor释放。

文档

要查看系统中安装的软件包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“hiReadsProcessor”)

超文本标记语言	R脚本	使用hiReadsProcessor
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细节

biocViews	2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯
版本	1.28.0
Bioconductor自	BioC 3.0 (R-3.1)(6.5年)
许可证	GPL-3
取决于	Biostrings，GenomicAlignments，BiocParallel，hiAnnotator， r (>= 3.0)
进口	sonicLength，dplyr，BiocGenerics，GenomicRanges，readxl、方法
链接
建议	knitr，testthat
SystemRequirements	UCSC hg18为BLAT的2bit格式
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	hiReadsProcessor_1.28.0.tar.gz
Windows二进制
macOS 10.13 (High Sierra)	hiReadsProcessor_1.28.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/hiReadsProcessor
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ hiReadsProcessor
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/hiReadsProcessor/
包下载报告	下载数据