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冰茶
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DOI：10.18129 / b9.bioc.icetea
通过转录表达分析整合CAP浓缩
Biocometiond版本：释放（3.12）
ICETEA（与转录物表达分析集成富集浓缩）提供了多个5'-分析方法的端到端分析的功能，例如笼，横脉搏和Mapcap，从RAW读取开始使用重复的转录开始站点的检测。它还允许在一组样品之间进行差异TSS检测，因此，将MRNA谱系富集信息与转录物表达分析相结合。
作者：Vivek Bhardwaj [Aut，Cre]
维护者：Vivek Bhardwaj
引文（从R内，输入引文（“iceetea”））：
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“4.0”）并输入：
if（！quancamespace（“biocmanager”，squilly = true））install.packages（“biocmanager”）biocmanager ::安装（“icetea”）
对于旧版本，请参阅相应的生物导体释放。
文件
要查看系统中安装此包版本的文档，请启动r并输入：
BROWSEVIGNETTES（“ICETEA”）
| HTML. | r script. | 使用iceTea分析转录5'-分析数据 |
| PDF. | 参考手册 | |
| 文本 | 消息 | |
| 文本 | 执照 |
细节
| Biocviews. | 2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 |
| 版本 | 1.8.0. |
| 在生物导体中以来 | BIOC 3.8（R-3.5）（2.5岁） |
| 执照 | gpl-3 +文件执照 |
| 依靠 | r（> = 4.0） |
| 进口 | 统计，Util，方法，图形，Grdevices，ggplot2.那基因组法那缩短那生物相投那生物仪器那S4Vectors.那RSAMTOOLS.那生物根系那绞喉那基因管理那Genomicranges.那rtracklayer.那概括分析那VariantAnnotation.那林马那edger.那CSAW.那deseq2.那txdb.dmelanogaster.ucsc.dm6.ensgene.ensgene. |
| 链接到 | |
| 建议 | kn那RAMAMAMDOW.那rsubread.（> = 1.29.0），testthat. |
| 系统要求 | |
| 加强 | |
| URL. | https://github.com/vivekbhr/icetea |
| Bugreports. | https://github.com/vivekbhr/icetea/issues. |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 链接给我 | |
| 建立报告 |
包档案包
跟随2021年欧洲杯比分预测 在r会话中使用此包的说明。
| 源包 | ICETEA_1.8.0.tar.gz. |
| Windows二进制文件 | ICETEA_1.8.0.zip. |
| Macos 10.13（高塞拉） | ICETEA_1.8.0.TGZ. |
| 源存储库 | git clone https://git.biocumon.org/packages/ICETEA |
| 源存储库（开发人员访问） | git clone git@git.biocondion.org：包/ iceTea |
| 包短网址 | https://biocumon.org/packages/icetea/ |
| 包裹下载报告 | 下载统计信息 |
