IDR2D.

DOI：10.18129 / b9.bioc.idr2d.

基因组交互数据的IrreoRogucible发现率

Bioconductor版本：释放（3.13）

一种测量产生二维峰（峰之间相互作用）的基因组实验之间的可重复性的工具，例如Chia-PET，HICHIP和HIC。IDR2D是原始IDR包的扩展，用于（一维）芯片SEQ峰值。

作者：Konstantin Krismer [Aut，Cre，Cph]，David Gifford [Ths，Cph]

维护者：Konstantin Krismer

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.1”）并输入：

if（！percennamespace（“biocmanager”，squilly = true））install.packages（“biocmanager”）biocmanager ::安装（“idr2d”）

对于旧版本，请参阅相应的生物导体释放。

文件

要查看系统中安装此包版本的文档，请启动r并输入：

BROWSEVIGNETTES（“IDR2D”）

HTML.	r script.	鉴定从复制的Chia-Pet实验中的可重复的基因组相互作用
HTML.	r script.	从复制芯片-SEQ实验中鉴定可重复的基因组峰
PDF.		参考手册
文本		消息
文本		执照

细节

Biocviews.	2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯
版本	1.6.0
在生物导体中以来	BIOC 3.10（R-3.6）（1.5年）
执照	mit +文件执照
依靠	r（> = 3.6）
进口	dplyr.（> = 0.7.6），徒劳。霍尔格（> = 1.4.3），genomeinfodb.（> = 1.14.0），Genomicranges.（> = 1.30），ggplot2.（> = 3.1.1），grdevices，IDR.（> = 1.2），绞喉（> = 2.18.0），Magrittr.（> = 1.5），方法，ret（> = 1.13），秤（> = 1.0.0），统计数据，stringr.（> = 1.3.1），UILS
链接到
建议	DT.（> = 0.4），htmltools.（> = 0.3.6），kn（> = 1.20），RAMAMAMDOW.（> = 1.10），Roxygen2.（> = 6.1.0），testthat.（> = 2.1.0）
系统要求	Python（> = 3.5.0），HIC稻草
加强
URL.	https://idr2d.mit.edu.
取决于我
进口我
建议我
链接给我
建立报告

包档案包

跟随2021年欧洲杯比分预测 在r会话中使用此包的说明。

源包	idr2d_1.6.0.tar.gz.
Windows二进制文件	idr2d_1.6.0.zip.
Macos 10.13（高塞拉）	idr2d_1.6.0.tgz.
源存储库	git clone https://git.biocumon.org/packages/idr2d.
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.biocondion.org：包/ idr2d
包短网址	https://biocumon.org/packages/idr2d/
包裹下载报告	下载统计信息