Imcrtools

doi：10.18129/b9.bioc.imcrtools

成像质量细胞术数据分析的方法

生物导体版本：版本（3.15）

该R软件包支持对成像质量细胞术和其他高度多重成像数据的处理和分析。主要功能包括在图像分割和测量后单细胞数据读取，数据格式以执行通道溢出校正以及许多空间分析方法。首先，通过空间图构造检测到细胞 - 细胞相互作用。这些图可以用代表节点和代表边缘的相互作用的单元格进行可视化。此外，每个单元格总结了其直接邻居以允许空间聚类。根据图像/分组水平，对单元类型之间的相互作用进行计数，平均并与随机排列进行比较。这样，比偶然发现的相互作用更多（吸引力）或更少（避免）的细胞类型被检测到。

作者：Nils Eling [AUT，CRE]，Tobias Hoch [CTB]，Vito Zanotelli [CTB]，Jana Fischer [CTB]，Daniel Schulz [CTB]

维护者：nils eling

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）Biocmanager :: install（“ imcrtools”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ Imcrtools”）

html	R脚本	IMC数据分析的工具
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯
版本	1.2.3
在生物导体中	Bioc 3.14（R-4.1）（1年）
执照	GPL-3
要看	r（> = 4.1），Spatiaxlexperiment
进口	S4VECTORS，统计，utils，总结性特征， 方法，pheatmap，，，，砍伐，，，，Stringr，，，，readr，，，，ebimage，，，，Cytomapper，，，，艾宾，，，，生物比较，，，，维里迪斯，，，，dplyr，，，，马格里特，，，，DT，，，，Igraph，，，，Singlecellexperiment，，，，vroom，，，，生物脑，，，，rtriangle，，，，ggraph，，，，整理图，，，，GGPLOT2，，，，Data.Table，，，，SF，，，，凹者
链接
建议	催化剂， 网格，花花公子，，，，生物使用，，，，尼特，，，，rmarkDown，，，，降价，，，，测试
系统要求
增强
URL	https://github.com/bodenmillergroup/imcrtools
BugReports	https://github.com/bodenmillergroup/imcrtools/issues
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	imcrtools_1.2.3.3.tar.gz
Windows二进制	imcrtools_1.2.3.3.zip
MacOS 10.13（高山脉）	imcrtools_1.2.3.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/imcrtools
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/imcrtools
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/imcrtools/
软件包下载报告	下载统计
Bioc 3.15的旧源软件包	来源存档