isomiRs

DOI:10.18129 / B9.bioc.isomiRs

从小RNA-seq中分析isomiRs和miRNAs

Bioconductor版本:发布(3.12)

mirna和isomiRs的表征，聚类和差异表达。

作者:Lorena Pantano [aut, cre]， Georgia Escaramis [aut]

维护人员:Lorena Pantano < Lorena。淡水沼泽gmail.com >

安装

要安装这个包，启动R(版本为“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("isomiRs")

对于旧版本的R，请参阅适当的Bioconductor释放。

文档

要查看系统中安装的这个包的版本文档，启动R并输入:

browseVignettes(“isomiRs”)

超文本标记语言	R脚本	miRNA和isomiR分析
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯
版本	1.18.1
Bioconductor自	BioC 3.3 (R-3.3)(5年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	R (> = 3.5),DiscriMiner,SummarizedExperiment
进口	AnnotationDbi,assertive.sets,BiocGenerics,Biobase,扫帚,集群,cowplot,DEGreport,DESeq2,IRanges,dplyr,GenomicRanges,gplots,ggplot2,gtools,gridExtra，网格，grDevices，图形，GGally,limma、方法、RColorBrewer,readr,重塑,rlang统计数据,stringr,S4Vectors,tidyr,宠物猫
链接
建议	knitr,org.Mm.eg.db,targetscan.Hs.eg.db,pheatmap,BiocStyle,testthat
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/lpantano/isomiRs/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循安装在你的R会话中使用这个包的说明。

源包	isomiRs_1.18.1.tar.gz
Windows二进制	isomiRs_1.18.1.zip(32位和64位)
macOS 10.13 (High Sierra)	isomiRs_1.18.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/isomiRs
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ isomiRs
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/isomiRs/
包下载报告	下载数据
BioC 3.12的旧源包	源存档