Karyploter.

DOI：10.18129 / b9.bioc.karyploter

绘制可自定义的线性基因组，显示任意数据

Bioconductor版本：释放（3.13）

Karyploter创建了任意基因组的核型图，提供了一组完整的函数，可以在它们上绘制任意数据。它模仿许多R基础图形功能将它们与坐标变更函数耦合，自动将染色体和数据坐标映射到绘图坐标中。除了提供的数据绘图功能外，很容易添加新的。

作者：Bernat Gel

维护者：贝尔纳特凝胶

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.1”）并输入：

if（！percennamespace（“biocmanager”，squilly = true））install.packages（“biocmanager”）biocmanager ::安装（“karyploter”）

对于旧版本，请参阅相应的生物导体释放。

文件

要查看系统中安装此包版本的文档，请启动r并输入：

Browsevignettes（“Karyploter”）

HTML.	r script.	Karyploter小插图
PDF.		参考手册
文本		消息

细节

Biocviews.	2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯
版本	1.18.0.
在生物导体中以来	BIOC 3.5（R-3.4）（4年）
执照	艺术-2.0
依靠	r（> = 3.4），林那Genomicranges.， 方法
进口	林那Genomicranges.那绞喉那RSAMTOOLS.，统计，图形，记忆那rtracklayer.那genomeinfodb.那S4Vectors.那Biovizbase.那消化那Bezier.那基因组法那Bamsignals.那annotationdbi.，grdevices，VariantAnnotation.
链接到
建议	生物焦那kn那testthat.那Magrittr.那bsgenome.hsapiens.ucsc.hg19那bsgenome.hsapiens.ucsc.hg19.masked.那txdb.hsapiens.ucsc.hg19.knowngene.那txdb.mmusculus.ucsc.mm10.knowngene.那org.hs.eg.db.那org.mm.eg.db.那Pasillabamsubset.
系统要求
加强
URL.	https://github.com/bernatgel/karyploter.
Bugreports.	https://github.com/bernatgel/karyploter/issues.
取决于我	CopyNumberplots.
进口我	cnvfilter.那cnviz.那多射线那RIPAT.
建议我	类别
链接给我
建立报告

包档案包

跟随2021年欧洲杯比分预测 在r会话中使用此包的说明。

源包	Karyoploter_1.18.0.tar.gz.
Windows二进制文件	karyploter_1.18.0.zip.
Macos 10.13（高塞拉）	Karyoploter_1.18.0.TGZ.
源存储库	git clone https://git.biocumon.org/packages/karyploter.
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.biocondion.org：包/ karyploter
包短网址	https://biocumon.org/packages/karyploter/
包裹下载报告	下载统计信息