lumi.

DOI：10.18129 / b9.bioc.lumi

illumina甲基化和表达微阵列的Beadarray特定方法

Biocometiond版本：释放（3.12）

LUMI封装为Illumina微阵列数据分析提供了一个集成的解决方案。它包括Illumina Beadstudio（GenomeStudio）数据输入，质量控制，比尔阵列特异性方差稳定，校准和基因注释的功能。它还包括处理Illumina甲基化微阵列的功能，特别是Illumina Infin甲基化微阵列。

作者：潘杜，理查德布尔冈，刚峰，西蒙林

维护者：Lei Huang

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.0”）并输入：

if（！qualocmanage（“biocmanager”，squilly = true））install.packages（“biocmanager”）biocmanager ::安装（“lumi”）

对于旧版本，请参阅相应的生物导体释放。

文件

PDF.		参考手册
文本		消息

细节

Biocviews.	2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯
版本	2.42.0
在生物导体中以来	BIOC 2.0（R-2.5）（14岁）
执照	LGPL（> = 2）
依靠	r（> = 2.10），BioBase.（> = 2.5.5）
进口	敬服（> = 1.23.4），弥撒（> = 2.3.2），基因组法那Genomicranges.那注释那格子那mgcv.（> = 1.4-0），nleqslv.那kernsmooth.那预处理核那rsqlite.那DBI.那annotationdbi.那大量的，图形，统计数据，stats4，方法
链接到
建议	Beadarray.那林马那VSN.那lumibarnes.那lumihumanall.db.那lumihumanidmappping那Genefilter.那rcolorbrewer.
系统要求
加强
URL.
取决于我	Arraymvout.那EQTL.那ffpeexampledata.那icheck.那lumibarnes.那lumihumanidmappping那lumimouseidmappping那lumiratidmapping那MAQCSUBSET.那maqcsubsetilm.那mvoutdata.那西瓜
进口我	FFPE.那甲烷分析那雷尼卡
建议我	Beadarray.那宝石那哈曼那弥撒那蒂格雷
链接给我
建立报告

包档案包

跟随2021年欧洲杯比分预测 在r会话中使用此包的说明。

源包	lumi_2.42.0.tar.gz.
Windows二进制文件	lumi_2.42.0.zip.
Macos 10.13（高塞拉）	lumi_2.42.0.tgz.
源存储库	git clone https://git.biocumon.org/packages/lumi.
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.biocondudard.org：包装/ lumi
包短网址	https://biocumon.org/packages/lumi/
包裹下载报告	下载统计信息