Megadepth.

DOI：10.18129 / b9.bioc.megadepth.

Megadepth：Bigwig和Bam相关的公用事业

Bioconductor版本：释放（3.13）

此软件包为Megadepth提供的R型接口，由克里斯托弗Wilk提供Https://github.com/christopherwilks/megadepth。它特别适用于在BigWig或BAM文件中计算一组基因组区域的覆盖范围。使用此包，您可以从Bigwig文件构建区域的基对覆盖矩阵或您选择的注释。Megadepth用于创建由https://biocumon.org/packages/recount3提供的原始文件。

作者：Leonardo Collado-Torres [Aut]，大卫张[AUT，CRE]

维护者：David Zhang

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.1”）并输入：

if（！percenameSpace（“biocmanager”，静静= true））install.packages（“biocmanager”）biocmanager ::安装（“megadepth”）

对于旧版本，请参阅相应的生物导体释放。

文件

要查看系统中安装此包版本的文档，请启动r并输入：

Browsevignettes（“Megadepth”）

HTML.	r script.	Megadepth快速入门指南
PDF.		参考手册
文本		消息
文本		安装

细节

Biocviews.	2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯
版本	1.2.0
在生物导体中以来	BIOC 3.12（R-4.0）（0.5岁）
执照	艺术-2.0
依靠
进口	Xfun.，实用，FS.那Genomicranges.那读书那cmdfun.那dplyr.那Magrittr.
链接到
建议	Covr.那kn那生物焦那sessioninfo.那RAMAMAMDOW.那rtracklayer.那德内捷德那genomeinfodb.， 工具，refmanager.那testthat.
系统要求	Megadepth（ ）
加强
URL.	https://github.com/lieberinstitute/megadepth.
Bugreports.	https://support.biocumon.org/t/megadepth.
取决于我
进口我	司布
建议我
链接给我
建立报告

包档案包

跟随2021年欧洲杯比分预测 在r会话中使用此包的说明。

源包	megadepth_1.2.0.tar.gz.
Windows二进制文件	megadepth_1.2.0.zip.
Macos 10.13（高塞拉）	megadepth_1.2.0.tgz.
源存储库	git clone https://git.biocumon.org/packages/megadepth.
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.biocondudard.org：包装/ megadepth
包短网址	https://biocumon.org/packages/megadepth/
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