模因

doi：10.18129/b9.bioc.memes

使用Meme Suite的图案匹配，比较和从头发现

生物导体版本：版本（3.15）

Meme Suite套件家族的无缝界面，用于主题分析。“模因”为使用Granges对象作为入口点进行分析，检查和编辑图案列表的数据结构以及新颖的数据可视化提供了数据意识实用程序。“模因”功能和数据结构都可以适合基础R和整形工作流程。

作者：Spencer Nystrom [AUT，CRE，CPH]

维护者：gmail.com上的Spencer Nystrom

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）Biocmanager :: install（“ memes”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“模因”）

html	R脚本	CHIP-seq分析
html	R脚本	使用Dreme发现Denovo主题
html	R脚本	安装模因
html	R脚本	使用tomtom进行比较
html	R脚本	使用AME进行图案富集测试
html	R脚本	使用FIMO扫描图案
html	R脚本	整理主题元数据
PDF		参考手册
文本		消息
文本		执照

细节

生物浏览	2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯
版本	1.4.1
在生物导体中	Bioc 3.13（R-4.1）（1年）
执照	麻省理工学院 +文件执照
要看	R（> = 4.1）
进口	生物弦，，，，dplyr，，，，cmdfun（> = 1.0.2），基因组机，，，，GGPLOT2，，，，ggseqlogo，，，，马格里特，，，，矩阵， 方法，拼布，，，，processx，，，，purrr，，，，rlang，，，，readr，统计，工具，蒂布尔，，，，花花公子，utils，用这个，，，，Universalmotif（> = 1.9.3），XML2
链接
建议	牛仔图，，，，bsgenome.dmelanogaster.ucsc.dm3，，，，bsgenome.dmelanogaster.ucsc.dm6，，，，福卡，，，，测试（> = 2.1.0），尼特，，，，主题，，，，pheatmap，，，，PMCMRPLUS，，，，plyranges（> = 1.9.1），rmarkDown，，，，COVR
系统要求	Meme Suite（v5.3.3或以上）
增强
URL	https://snystrom.github.io/memes/https://github.com/snystrom/memes
BugReports	https://github.com/snystrom/memes/issues
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	memes_1.4.1.tar.gz
Windows二进制	memes_1.4.1.zip
MacOS 10.13（高山脉）	memes_1.4.1.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/memes
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：包装/模因
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/memes/
软件包下载报告	下载统计
Bioc 3.15的旧源软件包	来源存档