methrix.

DOI：10.18129 / b9.bioc.methrix.

Bisufite测序的快速有效地概述通用夹纸文件

Bioconductor版本：释放（3.13）

Bisulfite管道产生的床单文件经常在各种口味中。临界下游步骤要求将这些文件的概括为甲基化/覆盖矩阵。该数据聚合的步骤由Methrix完成，包括许多其他有用的下游功能。

作者：Anand Mayakonda [Aut，CRE]，reka toth [aut]，Rajbir Batra [CTB]，Clarissa Feuerstein-Akgöz[CTB]，Joschka嘿[CTB]，MaximilianSchönung[CTB]，Pavlo Lutsik [CTB]

维护者：Anand Mayakonda

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.1”）并输入：

if（！percenameSpace（“biocmanager”，静静= true））install.packages（“biocmanager”）biocmanager ::安装（“methrix”）

对于旧版本，请参阅相应的生物导体释放。

文件

要查看系统中安装此包版本的文档，请启动r并输入：

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HTML.	r script.	Methrix教程
PDF.		参考手册
文本		消息
文本		执照

细节

Biocviews.	2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯
版本	1.6.0
在生物导体中以来	BIOC 3.10（R-3.6）（1.5年）
执照	mit +文件执照
依靠	r（> = 3.6），data.table.（> = 1.12.4），概括分析
进口	rtracklayer.那delayedarray那HDF5Array.那bsgenome.那delayedmatrixstats，并行，方法，ggplot2.那MatrixStats.，图形，统计数据，实用程序，Genomicranges.那绞喉
链接到
建议	kn那RAMAMAMDOW.那DSS.那BSSeq.那情节那bsgenome.mmusculus.ucsc.mm9.那mafdb.1kgenomes.phase3.grch38.那mafdb.1kgenomes.phase3.hs37d5.那基因组织那生物仪器那rcolorbrewer.那genomeinfodb.那testthat.（> = 2.1.0）
系统要求
加强
URL.	https://github.com/compepigen/methrix.
Bugreports.	https://github.com/compepigen/methrix/issues.
取决于我
进口我
建议我
链接给我
建立报告

包档案包

跟随2021年欧洲杯比分预测 在r会话中使用此包的说明。

源包	methrix_1.6.0.tar.gz.
Windows二进制文件	methrix_1.6.0.zip.
Macos 10.13（高塞拉）	methrix_1.6.0.tgz.
源存储库	git clone https://git.biocumon.org/packages/methrix.
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.biocondion.org：包装/ methrix
包短网址	https://biocumon.org/packages/methrix/
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