methyAnalysis

DOI:10.18129 / B9.bioc.methyAnalysis

DNA甲基化数据分析和可视化

生物导体版本:发布(3.12)

methyAnalysis软件包旨在DNA甲基化数据分析和可视化。定义了一个甲基基因集类，将染色体位置信息与数据保存在一起。该包还包括从Methy-Seq数据估计甲基化水平的功能。

作者:Pan Du, Richard Bourgon

维护人员:黄磊

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("methyAnalysis")

有关较旧版本的R，请参阅适当的Bioconductor释放。

文档

要查看系统中安装的软件包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“methyAnalysis”)

PDF	R脚本	methyAnalysis软件包简介
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯
版本	1.32.0
Bioconductor自	BioC 2.11 (R-2.15)(8.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 2.10)， grid，BiocGenerics,IRanges,GenomeInfoDb(> = 1.22.0),GenomicRanges,Biobase(> = 2.34.0),org.Hs.eg.db
进口	统计,grDevices跑龙套,光民,methylumi,Gviz,genoset,SummarizedExperiment,IRanges,GenomicRanges,VariantAnnotation,rtracklayer,bigmemoryExtras,GenomicFeatures,注释,Biobase(> = 2.5.5),AnnotationDbi,genefilter,biomaRt、方法、并行
链接
建议	FDb.InfiniumMethylation.hg19,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我	methylumi
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	methyAnalysis_1.32.0.tar.gz
Windows二进制	methyAnalysis_1.31.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	methyAnalysis_1.32.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/methyAnalysis
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ methyAnalysis
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/methyAnalysis/
包下载报告	下载数据