弥撒

DOI：10.18129 / b9.bioc.methylumi

处理illumina甲基化数据

Biocometiond版本：释放（3.12）

此包提供用于持有和操纵Illumina甲基化数据的类。基于ESET，它可以包含Miame信息，示例信息，特征信息和多个数据矩阵。“智能”导入功能，MethyLumir可以读取Illumina文本文件并创建甲基麦内容。甲基umidat可以直接从人甲基化27和人甲基化450微阵列读取原始IDAT文件。还包括归一化，背景校正，以及Goldengate，Infinium和Infinium HD阵列的质量控制特征。

作者：肖恩戴维斯，潘杜，索维比尔克，蒂姆特谢，Jr.，Moiz Bootwalla

维护者：Sean Davis

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.0”）并输入：

if（！percennamespace（“biocmanager”，squilly = true））install.packages（“biocmanager”）biocmanager ::安装（“methylumi”）

对于旧版本，请参阅相应的生物导体释放。

文件

要查看系统中安装此包版本的文档，请启动r并输入：

BROWSEVIGNETTES（“METHYLUMI”）

PDF.	r script.	甲基umi包装介绍
PDF.	r script.	使用Methylumi使用Illumina 450K阵列
PDF.		参考手册
文本		自述

细节

Biocviews.	2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯
版本	2.36.0
在生物导体中以来	BIOC 2.5（R-2.10）（11.5岁）
执照	GPL-2
依靠	BioBase.，方法，r（> = 2.13），秤那重塑2.那ggplot2.那MatrixStats.那Fdb.infiniummethylation.hg19.（> = 2.2.0），Minfi.
进口	生物根系那S4Vectors.那绞喉那genomeinfodb.那Genomicranges.那概括分析那BioBase.，图形，格子那注释那Genefilter.那annotationdbi.那Minfi.，统计数据4，Illuminaio
链接到
建议	lumi.那格子那林马那xtable.那SQN.那大量的那MatrixStats.， 平行，rtracklayer.那生物仪器那甲烷分析那Tcamethylation450K.那illuminahumanmethylation450ka​​nno.ilmn12.hg19那FDB.INFINUIUM甲基化.HG18（> = 2.2.0），homo.sapiens.那kn
系统要求
加强
URL.
Bugreports.	https://github.com/seandavi/methylumi/issues/new.
取决于我	大梅隆那rnbeads.那Skewr.那西瓜
进口我	FFPE.那lumi.那甲烷分析那MissMethyl.
建议我
链接给我
建立报告

包档案包

跟随2021年欧洲杯比分预测 在r会话中使用此包的说明。

源包	methylumi_2.36.0.tar.gz.
Windows二进制文件	methylumi_2.35.0.zip.
Macos 10.13（高塞拉）	methylumi_2.36.0.tgz.
源存储库	git clone https://git.biocumon.org/packages/methylumi
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.biocondudard.org：包装/甲基umi
包短网址	https://biocumon.org/packages/methylumi/
包裹下载报告	下载统计信息