微生物膜标志物

doi：10.18129/b9.bioc.microbiomemarker

微生物组生物标志物分析工具包

生物导体版本：版本（3.15）

迄今为止，已经开发了许多基于元基因组谱的微生物组标记发现的方法，例如Lefse。但是，所有这些方法都有其自身的优势和缺点，它们都不被认为是标准或普遍的。此外，即使在不同的操作系统中，不同的程序或软件也可以使用不同的编程语言开发。在这里，我们开发了一个多合一的R软件包微生物膜标记物，该软件符号集成了常用的差分分析方法以及三种基于机器学习的方法，包括逻辑回归，随机森林和支持向量机，以促进微生物组标记的识别。。

作者：Yang Cao [AUT，CRE]

维护者：yang cao

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）Biocmanager :: install（“ MicrobioBiomeMarker”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

browsevignettes（“微生物虫”）

html	R脚本	微生物组标记的工具
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯
版本	1.2.2
在生物导体中	Bioc 3.14（R-4.1）（1年）
执照	GPL-3
要看	R（> = 4.1.0）
进口	dplyr，，，，门索，，，，马格里特，，，，purrr，，，，大量的，utils，GGPLOT2，，，，蒂布尔，，，，rlang，统计硬币，，，，格特里，，，，tidytree， 方法，iranges，，，，花花公子，，，，拼布，，，，ggsignif，，，，元基因组，，，，deseq2，，，，EDGER，，，，生物基因，，，，生物弦，，，，Yaml，，，，生物形式，，，，S4VECTORS，，，，生物酶，，，，复杂的图像，，，，ancombc，，，，商在，，，，林玛，，，，ALDEX2，，，，多检验，，，，PlotRoc，，，，素食主义者，，，，Proc，，，，生物比较
链接
建议	测试，，，，COVR，，，，Glmnet，，，，矩阵，，，，克恩拉布，，，，E1071，，，，游侠，，，，尼特，，，，rmarkDown，，，，生物使用，，，，用
系统要求
增强
URL	https://github.com/yiluheihei/microbiomememarker
BugReports	https://github.com/yiluheihei/microbiomememarker/issues
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	Microbiomemarker_1.2.2.2.tar.gz
Windows二进制	microbiomemarker_1.2.2.2.zip
MacOS 10.13（高山脉）	Microbiomemarker_1.2.2.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/microbiomememarker
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/microbiomemarker
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/microbiomememarker/
软件包下载报告	下载统计
Bioc 3.15的旧源软件包	来源存档