midasHLA

DOI:10.18129 / B9.bioc.midasHLA

用于免疫基因组学数据处理和关联分析的R包

Bioconductor版本:发布(3.15)

MiDAS是一个用于免疫遗传学数据转换和统计分析的R软件包。MiDAS接受HLA等位基因和KIR类型的输入数据，并将其转化为具有生物学意义的变量，从而实现HLA氨基酸精细定位、HLA进化差异分析、KIR基因存在以及验证HLA-KIR相互作用。此外，它允许与不同测量尺度的表型的综合统计关联分析工作流程。MiDAS填补了免疫遗传变异的推断与有效利用免疫遗传变异进行T细胞、自然杀伤细胞和疾病生物学相关发现之间的空白。

作者:Christian Hammer [aut]， Maciej migdaov [aut, cre]

维护者:Maciej migdav

安装

要安装这个包，启动R(版本"4.2")并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("midasHLA")

对于旧版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，启动R并输入:

browseVignettes(“midasHLA”)

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细节

biocViews	2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯
版本	1.4.0
在Bioconductor中	BioC 3.13 (R-4.1)(1.5年)
许可证	MIT +文件授权
取决于	R (>= 4.1)，MultiAssayExperiment(> = 1.8.3)
进口	为了(> = 0.2.0),扫帚(> = 0.5.1),dplyr(> = 0.8.0.1),formattable(> = 0.2.0.1),HardyWeinberg(> = 1.6.3),kableExtra(> = 1.1.0版),knitr(> = 1.21),magrittr(>= 1.5)，方法stringi(> = 4),rlang(> = 0.3.1),S4Vectors(>= 0.20.1)，SummarizedExperiment(> = 1.12.0),宠物猫(>= 2.0.1)，qdapTools(> = 1.3.3)
链接
建议	broom.mixed(> = 0.2.4),cowplot(> = 1.0.0),devtools(> = 2.0.1),ggplot2(> = 3.1.0),ggpubr(> = 0.2.5),rmarkdown，seqinr(> = 3.4 5),生存(> = 2.43 3),testthat(> = 2.0.1),tidyr(> = 1.1.2)
SystemRequirements
增强了
URL
这取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在您的R会话中使用此包的说明。

源包	midasHLA_1.4.0.tar.gz
Windows二进制	midasHLA_1.4.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	midasHLA_1.4.0.tgz
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/midasHLA
源存储库(开发人员访问)	git clone git@git.bioconductor.org:packages/midasHLA
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/midasHLA/
软件包下载报告	下载数据