Bioconductor版本:发行版(3.13)
这个包执行单细胞差异丰度测试。细胞状态被建模为最近邻图上的代表性邻域。假设检验使用负双项广义线性模型进行。
作者:Mike Morgan [aut, cre], Emma Dann [aut, ctb]
维护者:Mike Morgan
引文(从R内,输入引用(“miloR”)
):
要安装此包,请启动R(版本“4.1”)并输入:
如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("miloR")
对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放.
要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:
browseVignettes(“miloR”)
超文本标记语言 | R脚本 | 用Milo进行差异丰度测试 |
超文本标记语言 | R脚本 | 以米洛小鼠原肠形成为例进行差异丰度测试 |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 | |
文本 | 许可证 |
biocViews | 2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 |
版本 | 1.0.0 |
在Bioconductor | BioC 3.13 (R-4.1)(< 6个月) |
许可证 | GPL-3 +文件许可证 |
取决于 | R (>= 4.0.0),刨边机 |
进口 | BiocNeighbors,SingleCellExperiment,矩阵(1.3 > = 0),S4Vectors统计数据,stringr、方法、igraph,irlba,cowplot,BiocParallel,BiocSingular,limma,ggplot2,宠物猫,matrixStats,ggraph,gtools,SummarizedExperiment,拼接而成,tidyr,dplyr,ggrepel,ggbeeswarm,RColorBrewer, grDevices |
链接 | |
建议 | testthat,质量,mvtnorm,嘘,食物,covr,knitr,rmarkdown,uwot,BiocStyle,MouseGastrulationData,魔法,RCurl,旋度、图形 |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | https://marionilab.github.io/miloR |
BugReports | https://github.com/MarioniLab/miloR/issues |
全靠我 | |
进口我 | |
建议我 | |
链接到我 | |
构建报告 |
遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。
源包 | miloR_1.0.0.tar.gz |
Windows二进制 | miloR_1.0.0.zip |
macOS 10.13 (High Sierra) | miloR_1.0.0.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/miloR |
源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:packages/miloR |
包短Url | //www.andersvercelli.com/packages/miloR/ |
软件包下载报告 | 下载数据 |
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