mnem

doi:10.18129/b9.bioc.mnem

混合嵌套效应模型

生物导体版本:版本(3.13)

混合嵌套效应模型(MNEM)是嵌套效应模型的扩展,可以分析通过诸如wisturb-seq(Dixit等,2016)或农作物seq等方法提供的单细胞扰动数据(Datlinger等,2017年))。在那些实验中,许多细胞中的每个细胞都被特定基因的敲低扰动,即,几个细胞被基因A的敲低的基因扰动,其中几个被基因B的敲低,等等。观察到的读出必须是多特征,在扰动/作物序列基因的情况下,每个细胞的表达谱是每个细胞的表达曲线。MNEM使用混合模型同时将细胞总数聚集到K簇中,并推断K网络为每个群集的扰动基因联系起来。混合物成分是通过预期最大化算法推断出来的。

作者:Martin Pirkl [AUT,CRE]

维护者:Martin Pirkl

引用(从r内,输入引用(“ mnem”)):

安装

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if(!sireseenamespace(“ biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ biocmanager”)biocmanager :: install(“ mnem”)

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文档

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版本 1.8.0
在生物导体中 Bioc 3.9(R-3.6)(2年)
执照 GPL-3
要看 R(> = 4.1)
进口 ,,,,图形,,,,rgraphviz,,,,Flexclust,,,,格子,,,,Naturalsort,,,,降雪,stats4,tsne,方法,图形,统计,utils,linnorm,,,,Data.Table,,,,RCPP,,,,rcppeigen,,,,矩阵,grdevices,E1071,,,,GGPLOT2,,,,韦桑森
链接 RCPP,,,,rcppeigen
建议 尼特,,,,DevTools,,,,rmarkDown,,,,生物基因,,,,运行,,,,Epinem
系统要求
增强
URL https://github.com/cbg-ethz/mnem/
BugReports https://github.com/cbg-ethz/mnem/issues
取决于我 Nempi
进口我 Bnem,,,,DCE,,,,Epinem
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源包 mnem_1.8.0.tar.gz
Windows二进制 mnem_1.8.0.zip
MacOS 10.13(高山脉) mnem_1.8.0.tgz
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/mnem
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:packages/mnem
包装短URL //www.andersvercelli.com/packages/mnem/
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