单片眼镜

DOI:10.18129 / B9.bioc.monocle

单细胞RNA-Seq的聚类、差异表达和轨迹分析

生物导体版本:发布(3.13)

Monocle进行差异表达和时间序列分析单细胞表达实验。它根据生物过程的进程来安排单个细胞，而不事先知道哪个基因在这个过程中定义了进程。Monocle还对单细胞表达数据执行差异表达分析、聚类、可视化和其他有用的任务。它被设计用于RNA-Seq和qPCR数据，但也可以用于其他类型。

作者:科尔杰尔

维护人员:Cole Trapnell

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("monocle")

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文档

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browseVignettes(“单片眼镜”)

PDF	R脚本	单片:用于单细胞RNA-Seq实验的细胞计数、差异表达和轨迹分析
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细节

biocViews	2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯
版本	2.20.0
Bioconductor自	BioC 3.0 (R-3.1)(6.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R(>= 2.10.0)，方法，矩阵(> = 1.2 6),Biobase，ggplot2(> = 1.0.0),VGAM(> = 1.0 6),DDRTree(> = 0.1.4)
进口	平行,igraph(> = 1.0.1),BiocGenerics，HSMMSingleCell(> = 0.101.5),plyr，集群，combinat，fastICA、网格irlba(> = 2.0.0),matrixStats，densityClust(> = 0.3),Rtsne，质量，reshape2，limma，宠物猫，dplyr，qlcMatrix，pheatmap，stringr，代理，大满贯，冬青统计数据,biocViews，RANN(> = 2.5),Rcpp(> = 0.12.0)
链接	Rcpp
建议	命运，Hmisc，knitr，修拉，嘘，testthat
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我	西塞罗，ctgGEM，phemd
进口我	tradeSeq，的作用
建议我	M3Drop，食物，sincell
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	monocle_2.20.0.tar.gz
Windows二进制	monocle_2.20.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	monocle_2.20.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/monocle
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/单片眼镜
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/monocle/
包下载报告	下载数据