msqrob2

DOI:10.18129 / B9.bioc.msqrob2

健壮的统计推断为定量质蛋白质组学

Bioconductor版本:版本(3.15)

msqrob2为评估提供了一个健壮的线性混合模型框架微分丰富MS-based定量蛋白质组学实验。我们的工作流可以从生肽强度或总结蛋白质表达的价值观。模型参数估计可以用岭回归稳定,经验贝叶斯估计和方差M-estimation强劲。msqrob2 hurde工作流可以处理缺失数据,而无需依靠很难核实归罪假设,,比最先进的方法,没有高低missingness非难。它建立在QFeature基础设施为定量质谱数据一起存储模型结果与原始数据预处理的数据。

作者:列文克莱门特(aut (cre)。劳伦与(aut),奥利弗·m·克鲁克(aut)Goeminne Adriaan贴纸(施),大家(施),米兰Malfait(施),Stijn Vandenbulcke (aut)

维护人员:列文克莱门特<列文。克莱门特在ugent.be >

安装

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如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“msqrob2”)

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HTML	R脚本	答:label-free工作流与两组设计
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细节

biocViews	2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯
版本	1.4.0
Bioconductor自	BioC 3.13 (r - 4.1)(1年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 4.1),QFeatures(> = 1.1.2)
进口	统计数据、方法lme4,purrr,BiocParallel,矩阵,质量,limma,SummarizedExperiment,codetools
链接
建议	multcomp,gridExtra,knitr,BiocStyle,RefManageR,sessioninfo,rmarkdown,testthat,tidyverse,情节,msdata,MSnbase,matrixStats,MsCoreUtils
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/statOmics/msqrob2
BugReports	https://github.com/statOmics/msqrob2/issues
取决于我
进口我
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包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 指示在R会话中使用这个包。

源包	msqrob2_1.4.0.tar.gz
Windows二进制	msqrob2_1.4.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	msqrob2_1.4.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/msqrob2
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ msqrob2
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/msqrob2/
包下载报告	下载数据