多种审核

DOI：10.18129 / b9.bioc.multihiccompare.

在可获得每个实验条件的重复时，在可获得的每种实验条件的复制时，正常化和检测Hi-C数据集之间的差异

Biocometiond版本：释放（3.12）

MultiHICcomPare提供了多个高C数据集中的联合归一化和差异检测功能。此扩展原始HICcompare包现在允许每组超过2组的Hi-C实验和多个样本。MultiHICcompare以稀疏上三角矩阵的形式进行处理的高C数据。它接受四列（染色体，区域1，区域2，IF）标签分离文本文件，存储染色质交互矩阵。Multihiccompare提供适用于共同规范化Hi-C数据的循环黄土和快速黄土（FastLo）方法。此外，它提供了一种适应edger封装的一般线性模型（GLM）框架，以在距离相关的方式中检测Hi-C数据的差异。

作者：John Stansfield ，Mikhail Dozmorov

维护者：John Stansfield ，Mikhail Dozmorov

安装

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if（！percennamespace（“biocmanager”，squilly = true））install.packages（“biocmanager”）biocmanager ::安装（“multihiccompare”）

对于旧版本，请参阅相应的生物导体释放。

文件

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细节

Biocviews.	2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯
版本	1.8.0.
在生物导体中以来	BIOC 3.8（R-3.5）（2.5岁）
执照	mit +文件执照
依靠	r（> = 4.0.0）
进口	data.table.那dplyr.那hiccompare.那edger.那生物相投那QQman.那Pheatmap.， 方法，标准那Genomicranges.，图形，统计数据，实用程序，pbapply.那genomeinfodbdata.那布尔玛那Genomeinfodb.
链接到
建议	kn那RAMAMAMDOW.那testthat.那生物焦
系统要求
加强
URL.	https://github.com/dozmorovlab/multihiccompare.
Bugreports.	https://github.com/dozmorovlab/multihiccompare/issues.
取决于我
进口我
建议我	hiccompare.
链接给我
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包档案包

跟随2021年欧洲杯比分预测 在r会话中使用此包的说明。

源包	multihiccompare_1.8.0.tar.gz.
Windows二进制文件	multihiccompare_1.8.0.zip.
Macos 10.13（高塞拉）	multihiccompare_1.8.0.tgz.
源存储库	git clone https://git.biocumon.org/packages/multihiccompare.
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.biocondudard.org：包/多重群
包短网址	https://biocumon.org/packages/multihiccompare/
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