Musicatk.

DOI：10.18129 / b9.bioc.musicatk.

突变签名综合分析工具包

Bioconductor版本：释放（3.13）

突变签名是致癌曝光或异常细胞过程，可导致基因组的变化。我们创建了Musicatk（Muticational签名综合综合分析工具包），以解决多功能性的缺点和其他预先存在的计算工具中的易用性。尽管已经生成了许多不同类型的突变数据，但是当前的软件包没有灵活的框架，以允许用户在变型签名推理过程中混合和匹配不同类型的突变。Musicatk使用户能够计算并组合多种突变类型，包括SBS，DB和Indels。Musicatk计算复制链，转录链和这些特征的组合以及与与任何突变类型相关的独特和专有基因组特征的发现。Musicatk还实现了多种方法，用于发现新签名以及给定现有签名的曝光方法。Musicatk提供可视化和下游探索性分析的功能，包括比较群组之间签名的能力，并在Cosmic V2或Cosmic V3中查找匹配的签名。

作者：Aaron Chevalier [CRE]（0000-0002-3968-9250），Joshua D. Campbell [Aut]

维护者：Aaron Chevalier

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.1”）并输入：

if（！percennamespace（“biocmanager”，squilly = true））install.packages（“biocmanager”）biocmanager ::安装（“musicatk”）

对于旧版本，请参阅相应的生物导体释放。

文件

要查看系统中安装此包版本的文档，请启动r并输入：

Browsevignettes（“Musicatk”）

HTML.	r script.	突变签名综合分析工具包
PDF.		参考手册
文本		消息

细节

Biocviews.	2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯
版本	1.2.0
在生物导体中以来	BIOC 3.12（R-4.0）（0.5岁）
执照	LGPL-3
依靠	r（> = 4.0.0），NMF.
进口	概括分析那VariantAnnotation.那电台那生物仪器，基础，方法，Magrittr.那娇媚那Tidyr.那GTOOLS.那格拉底那母服从那mcmcprecision.那大量的那矩阵那data.table.那dplyr.那rlang.那bsgenome.那genomeinfodb.那基因组法那Genomicranges.那绞喉那S4Vectors.那uwot.那ggplot2.那stringr.那txdb.hsapiens.ucsc.hg19.knowngene.那txdb.hsapiens.ucsc.hg38.knowngene.那bsgenome.hsapiens.ucsc.hg19那bsgenome.hsapiens.ucsc.hg38那bsgenome.mmusculus.ucsc.mm9.那bsgenome.mmusculus.ucsc.mm10那DeconStructsig那decomptumor2sig那主题修改那GGRepel.那用那情节，实用，FormoExtra那簇那ComplexHeatMap.那stringi.那希望
链接到
建议	testthat.那生物焦那kn那RAMAMAMDOW.那生存那xvector.那QPDF.那Covr.
系统要求
加强
URL.
Bugreports.	https://github.com/campbio/musicatk/issues.
取决于我
进口我
建议我
链接给我
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包档案包

跟随2021年欧洲杯比分预测 在r会话中使用此包的说明。

源包	musicatk_1.2.0.tar.gz.
Windows二进制文件	musicatk_1.2.0.zip.（32-＆64位）
Macos 10.13（高塞拉）	musicatk_1.2.0.tgz.
源存储库	git clone https://git.biocumon.org/packages/musicatk.
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.biocondion.org：包装/乐队
包短网址	https://biocumon.org/packages/musicatk/
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