nearBynding

DOI:10.18129 / B9.bioc.nearBynding

分辨RNA结构近蛋白结合

生物导体版本:发布(3.13)

提供一个管道来识别转录组区域内蛋白质结合位点和近端RNA结构。CLIP蛋白结合数据可以作为对齐的BAM或称为峰的bedGraph文件输入。RNA结构可以从序列内部预测，或者用户可以选择输入自己的RNA结构数据。RNA结构结合谱可以通过多种格式进行可视化和定量比较。

作者:Veronica Busa [cree]

维护者:Veronica Busa

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!require ("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("nearBynding")

有关较旧版本的R，请参阅适当的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的软件包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“nearBynding”)

PDF	R脚本	nearBynding装饰图案
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细节

biocViews	2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯
版本	1.2.0
Bioconductor自	BioC 3.12 (R-4.0)(0.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 4.0)
进口	R.utils，matrixStats，plyranges，运输，Rsamtools，S4VectorsgrDevices图形,rtracklayer，dplyr，GenomeInfoDb、方法、GenomicRanges,跑龙套,统计数据,magrittr，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene，ggplot2，gplots，BiocGenerics，rlang
链接
建议	knitr
SystemRequirements	bedtools (> = 2.28.0), Stereogene (> = v2.20), CapR (> = 1.1.1)
增强了
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进口我
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构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	nearBynding_1.2.0.tar.gz
Windows二进制	nearBynding_1.2.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	nearBynding_1.2.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/nearBynding
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ nearBynding
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/nearBynding/
包下载报告	下载数据