netdx.

DOI：10.18129 / b9.bioc.netdx.

基于网络的患者分类器

Bioconductor版本：释放（3.13）

NetDX是一种从异源患者数据构建患者分类器的通用算法。该方法将数据转换为特征级别的患者相似性网络。功能选择标识对每个类的预测值的功能。使用标准措施提供了用于多功能预测器设计和性能评估的方法。NetDX本身地将分子数据分组到路径级别的特征中，并与Cytoskape连接，以便网络可视化路径主题。有关方法详细信息请参阅：Pai等。（2019）。NetDX：使用综合患者相似网络的可解释患者分类。分子系统生物学。15，E8497

作者：shraddha pai [aut，cre]，Philipp Weber [Aut]，Ahmad Shah [Aut]，Luca Giudice [Aut]，Shirley Hui [Aut]，Ruth Iserlin [Aut]，Hussam Kaka [Aut]，Gary Bader [Aut]

维护者：shraddha pai

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.1”）并输入：

if（！perceneNamespace（“biocmanager”，squilly = true））install.packages（“biocmanager”）biocmanager ::安装（“netdx”）

对于旧版本，请参阅相应的生物导体释放。

文件

要查看系统中安装此包版本的文档，请启动r并输入：

BROWSEVIGNETTES（“NETDX”）

HTML.	r script.	01.构建二进制预测器，查看性能，顶部特征和集成患者相似度网络
HTML.	r script.	02.从多个OMIC数据构建三通分类器（N-Way; N> 2）
HTML.	r script.	03.从稀疏遗传数据构建分类器
HTML.	r script.	04.验证具有独立数据集中所选功能的模型
PDF.		参考手册
文本		消息
文本		执照

细节

Biocviews.	2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯
版本	1.4.0
在生物导体中以来	BIOC 3.11（R-4.0）（1年）
执照	mit +文件执照
依靠	r（> = 3.6）
进口	r那Pracma.那ggplot2.那rcy3.那glmnet.那iGraph.那重塑2.，并行，统计，utils，MultiAsaySayexperiment.，图形，grdevices，方法，biocfilecache.那Genomicranges.那bigmemory.那多达齐全那Foreach.那COMBINAT.那rappdirs.那Genomeinfodb.那S4Vectors.那绞喉那rcolorbrewer.那撒尿那netsmooth那丁浓缩那RTSNE.那httr.
链接到
建议	CutatedTCGADATA.那tcgautils.那RAMAMAMDOW.那testthat.那kn那生物焦
系统要求
加强
URL.	http://netdx.org.
取决于我
进口我
建议我
链接给我
建立报告

包档案包

跟随2021年欧洲杯比分预测 在r会话中使用此包的说明。

源包	netdx_1.4.0.tar.gz.
Windows二进制文件
Macos 10.13（高塞拉）	netdx_1.4.0.tgz.
源存储库	git clone https://git.biocumon.org/packages/netdx.
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.biocondion.org：包/ netdx
包短网址	https://biocumon.org/packages/netdx/
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