Netboxr

doi:10.18129/b9.bioc.netboxr

Netboxr

生物导体版本:版本(3.15)

Netbox是一种基于网络的方法,将先验知识与网络聚类算法相结合。该算法允许识别功能模块,并允许组合多种数据类型,例如突变和拷贝数更改。Netbox对人类相互作用网络进行网络分析,并在四个文献策划的数据源中衍生出的人类相互作用网络(HIN),包括人类蛋白质参考数据库(HPRD),Reactome,NCI-NATURE途径相互作用(PID)数据库和MSKCC癌细胞图。

作者:Eric Minwei Liu [AUT,CRE],Augustin Luna [AUT],Ethan Cerami [AUT],Chris Sander [AUT]

维护者:eirc minwei liu

引用(从r内,输入引用(“ netboxr”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“ 4.2”)并输入:

if(!quired(“ Biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ Biocmanager”)Biocmanager :: install(“ NetBoxr”)

对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:

browsevignettes(“ netboxr”)

html R脚本 Netboxr教程
PDF 参考手册
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文本 执照

细节

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版本 1.7.1
在生物导体中 Bioc 3.11(R-4.0)(2年)
执照 LGPL-3 +文件执照
要看 r(> = 4.0.0),Igraph(> = 1.2.4.1),并行
进口 rcolorbrewer,,,,DT,统计clusterProfiler,,,,Data.Table,,,,GPLOTS,,,,jsonlite,,,,plyr
链接
建议 Paxtoolsr,,,,生物使用,,,,org.hs.eg.db,,,,尼特,,,,rmarkDown,,,,测试,CGDSR
系统要求
增强
URL
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包 NetBoxr_1.7.1.tar.gz
Windows二进制 netboxr_1.7.1.zip
MacOS 10.13(高山脉) NetboxR_1.7.1.tgz
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/netboxr
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:packages/netboxr
包装短URL //www.andersvercelli.com/packages/netboxr/
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