ngsReports

DOI:10.18129 / B9.bioc.ngsReports

加载FastqQC报告和其他NGS相关文件

Bioconductor版本:发行版(3.13)

这个包提供了将FastQC报告和其他NGS工具的输出摘要解析为r的方法和对象类。此外，还实现了多个绘图方法来可视化解析数据。绘图可以生成为静态的ggplot对象或交互式的plotly对象。

作者:Steve Pederson [aut, cre]， Christopher Ward [aut]，杜杜贤[aut]

维护者:Steve Pederson

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“ngsReports”)

超文本标记语言	R脚本	ngsReports简介
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯
版本	1.8.0
在Bioconductor	BioC 3.9 (R-3.6)(2年)
许可证	文件许可证
取决于	R (>= 4.0.0)，BiocGenerics，ggplot2，宠物猫(> = 1.3.1)
进口	Biostrings，使彻底失败，dplyr(> = 1.0.0),DT，forcats，ggdendro， grDevices (>= 3.6.0)， grid，生命周期，lubridate、方法、老鸨，情节，readr，reshape2，rmarkdown，尺度统计数据,stringr，tidyr，tidyselect(>= 0.2.3)， utils，动物园
链接
建议	BiocStyle，开罗，knitr，testthat，truncnorm
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/steveped/ngsReports
BugReports	https://github.com/steveped/ngsReports/issues
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	ngsReports_1.8.0.tar.gz
Windows二进制	ngsReports_1.8.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	ngsReports_1.8.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ngsReports
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/ngsReports
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/ngsReports/
软件包下载报告	下载数据