益生元

DOI:10.18129 / B9.bioc.oligo

寡核苷酸阵列的预处理工具

Bioconductor版本:发行版(3.13)

在探针水平上分析寡核苷酸阵列(表达/SNP/平铺/外显子)的包。它目前支持Affymetrix (CEL文件)和NimbleGen数组(XYS文件)。

作者:Benilton Carvalho和Rafael Irizarry

维护者:Benilton Carvalho < Benilton at unicamp.br>

引文(从R内,输入引用(“益生元”)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("oligo")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

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版本 1.56.0
在Bioconductor BioC 2.0 (R-2.5)(14年)
许可证 LGPL (>= 2)
取决于 R (>= 3.2.0),BiocGenerics(> = 0.13.11),oligoClasses(> = 1.29.6),Biobase(> = 2.27.3),Biostrings(> = 2.35.12)
进口 affyio(> = 1.35.0),affxparser(> = 1.39.4),DBI(> = 0.3.1),ff、图形、方法、preprocessCore(> = 1.29.0),RSQLite(>= 1.0.0),样条,stats, stats4, utils,zlibbioc
链接 preprocessCore
建议 BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg18,hapmap100kxba,pd.hg.u95av2,pd.mapping50k.xba240,pd.huex.1.0.st.v2,pd.hg18.60mer.expr,pd.hugene.1.0.st.v1,maqcExpression4plex,genefilter,limma,RColorBrewer,oligoData,BiocStyle,knitr,RUnit,biomaRt,AnnotationDbi,ACME,RCurl
SystemRequirements
增强了 doMC,doMPI
URL
全靠我 斜体,maEndToEnd,oligoData,pd.081229.hg18.promoter.medip.hx1,pd.2006.07.18.hg18.refseq.promoter,pd.2006.07.18.mm8.refseq.promoter,pd.2006.10.31.rn34.refseq.promoter,pd.ag,pd.aragene.1.0.st,pd.aragene.1.1.st,pd.atdschip.tiling,pd.ath1.121501,pd.barley1,pd.bovgene.1.0.st,pd.bovgene.1.1.st,pd.bovine,pd.bsubtilis,pd.cangene.1.0.st,pd.cangene.1.1.st,pd.canine,pd.canine.2,pd.celegans,pd.charm.hg18.example,pd.chicken,pd.chigene.1.0.st,pd.chigene.1.1.st,pd.chogene.2.0.st,pd.chogene.2.1.st,pd.citrus,pd.clariom.d.human,pd.clariom.s.human,pd.clariom.s.human.ht,pd.clariom.s.mouse,pd.clariom.s.mouse.ht,pd.clariom.s.rat,pd.clariom.s.rat.ht,pd.cotton,pd.cyngene.1.0.st,pd.cyngene.1.1.st,pd.cyrgene.1.0.st,pd.cyrgene.1.1.st,pd.cytogenetics.array,pd.drogene.1.0.st,pd.drogene.1.1.st,pd.drosgenome1,pd.drosophila.2,pd.e.coli.2,pd.ecoli,pd.ecoli.asv2,pd.elegene.1.0.st,pd.elegene.1.1.st,pd.equgene.1.0.st,pd.equgene.1.1.st,pd.feinberg.hg18.me.hx1,pd.feinberg.mm8.me.hx1,pd.felgene.1.0.st,pd.felgene.1.1.st,pd.fingene.1.0.st,pd.fingene.1.1.st,pd.genomewidesnp.5,pd.genomewidesnp.6,pd.guigene.1.0.st,pd.guigene.1.1.st,pd.hc.g110,pd.hg.focus,pd.hg.u133.plus.2,pd.hg.u133a,pd.hg.u133a.2,pd.hg.u133a.tag,pd.hg.u133b,pd.hg.u219,pd.hg.u95a,pd.hg.u95av2,pd.hg.u95b,pd.hg.u95c,pd.hg.u95d,pd.hg.u95e,pd.hg18.60mer.expr,pd.ht.hg.u133.plus.pm,pd.ht.hg.u133a,pd.ht.mg.430a,pd.hta.2.0,pd.hu6800,pd.huex.1.0.st.v2,pd.hugene.1.0.st.v1,pd.hugene.1.1.st.v1,pd.hugene.2.0.st,pd.hugene.2.1.st,pd.maize,pd.mapping250k.nsp,pd.mapping250k.sty,pd.mapping50k.hind240,pd.mapping50k.xba240,pd.margene.1.0.st,pd.margene.1.1.st,pd.medgene.1.0.st,pd.medgene.1.1.st,pd.medicago,pd.mg.u74a,pd.mg.u74av2,pd.mg.u74b,pd.mg.u74bv2,pd.mg.u74c,pd.mg.u74cv2,pd.mirna.1.0,pd.mirna.2.0,pd.mirna.3.0,pd.mirna.3.1,pd.mirna.4.0,pd.moe430a,pd.moe430b,pd.moex.1.0.st.v1,pd.mogene.1.0.st.v1,pd.mogene.1.1.st.v1,pd.mogene.2.0.st,pd.mogene.2.1.st,pd.mouse430.2,pd.mouse430a.2,pd.mta.1.0,pd.mu11ksuba,pd.mu11ksubb,pd.nugo.hs1a520180,pd.nugo.mm1a520177,pd.ovigene.1.0.st,pd.ovigene.1.1.st,pd.pae.g1a,pd.plasmodium.anopheles,pd.poplar,pd.porcine,pd.porgene.1.0.st,pd.porgene.1.1.st,pd.rabgene.1.0.st,pd.rabgene.1.1.st,pd.rae230a,pd.rae230b,pd.raex.1.0.st.v1,pd.ragene.1.0.st.v1,pd.ragene.1.1.st.v1,pd.ragene.2.0.st,pd.ragene.2.1.st,pd.rat230.2,pd.rcngene.1.0.st,pd.rcngene.1.1.st,pd.rg.u34a,pd.rg.u34b,pd.rg.u34c,pd.rhegene.1.0.st,pd.rhegene.1.1.st,pd.rhesus,pd.rice,pd.rjpgene.1.0.st,pd.rjpgene.1.1.st,pd.rn.u34,pd.rta.1.0,pd.rusgene.1.0.st,pd.rusgene.1.1.st,pd.s.aureus,pd.soybean,pd.soygene.1.0.st,pd.soygene.1.1.st,pd.sugar.cane,pd.tomato,pd.u133.x3p,pd.vitis.vinifera,pd.wheat,pd.x.laevis.2,pd.x.tropicalis,pd.xenopus.laevis,pd.yeast.2,pd.yg.s98,pd.zebgene.1.0.st,pd.zebgene.1.1.st,pd.zebrafish,pdInfoBuilder,彪马,pumadata,扫描。通用产品
进口我 ArrayExpress,cn.farms,crossmeta,frma,斜体,mimager
建议我 fastseg,frmaTools,hapmap100khind,hapmap100kxba,hapmap500knsp,hapmap500ksty,hapmapsnp5,hapmapsnp6,maqcExpression4plex
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构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包 oligo_1.56.0.tar.gz
Windows二进制 oligo_1.56.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13 (High Sierra) oligo_1.56.0.tgz
源库 Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/oligo
源存储库(开发人员访问) Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/oligo
包短Url //www.andersvercelli.com/packages/oligo/
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