omicplotR

DOI:10.18129 / B9.bioc.omicplotR

使用闪亮的应用程序对Omic数据集进行可视化探索

Bioconductor版本:发行版(3.15)

一个闪亮的应用程序，用于视觉探索组学数据集作为组成，并使用ALDEx2差分丰度分析。用于探索RNA-seq，元RNA-seq, 16s rRNA基因测序与可视化，如主成分分析双标图(使用元数据着色，以可视化每个变量)，树状图和堆叠条形图，以及效果图(ALDEx2)。Input是一个计数和元数据文件(如果存在元数据)的表，有按计数或元数据过滤数据的选项，以删除低计数，或根据所选元数据显示所选样本。

作者:Daniel Giguere [aut, cre]， Jean Macklaim [aut]， Greg Gloor [aut]

维护者:Daniel Giguere

安装

要安装此包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("omicplotR")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“omicplotR”)

超文本标记语言	R脚本	omicplotR:用于将omic数据集可视化为组合的工具
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细节

biocViews	2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯
版本	1.16.0
在Bioconductor公司	BioC 3.7 (R-3.5)(4年)
许可证	MIT +文件许可证
取决于	R (>= 3.6)，ALDEx2(> = 1.18.0)
进口	作文，DTgrDevices,knitr，jsonlite，matrixStats，rmarkdown，闪亮的统计数据,素食主义者，zCompositions
链接
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构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	omicplotR_1.16.0.tar.gz
Windows二进制	omicplotR_1.16.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	omicplotR_1.16.0.tgz
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/omicplotR
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/omicplotR
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/omicplotR/
软件包下载报告	下载数据