Pathwaypca

doi：10.18129/b9.bioc.pathwaypca

使用现代PCA方法和基因选择的综合途径分析

生物导体版本：版本（3.15）

PathwayPCA是一种集成分析工具，可实现Chen等人中描述的基于主成分分析（PCA）的途径分析方法。（2008），Chen等。（2010年）和陈（2011）。PathwayPCA允许用户：（1）测试途径与二进制，连续或生存表型的关联。（2）使用SUPERPCA和AES-PCA方法在途径中提取相关基因。（3）基于选定基因的计算主成分（PC）。这些估计的潜在变量代表了各个受试者的途径活动，然后可以将其用于执行综合途径分析，例如多词分析。（4）提取驱动途径重要性以及与这些相关基因相对应的数据的相关基因，以进行其他深入分析。（5）使用S4级数据对象进行并行计算和增强的数据安全性，以增强的计算效率进行分析。（6）分析使用复杂的实验设计，具有多个协变量以及相互作用效应的研究，例如测试男性和女性受试者的途径与临床表型的关联是否不同。 Citations: Chen et al. (2008) ;Chen等。（2010） ;和Chen（2011） 。

作者：Gabriel Odom [AUT，CRE]，James Ban [aut]，Lizhong Liu [aut]，Lily Wang [aut]，Steven Chen [aut]

维护者：Gabriel Odom

安装

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if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）Biocmanager :: install（“ pathwaypa”）

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文档

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html	R脚本	补充。1.快速入门指南
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版本	1.12.0
在生物导体中	Bioc 3.9（R-3.6）（3年）
执照	GPL-3
依靠	R（> = 3.1）
进口	拉斯，方法，并行，统计，生存，UTILS
链接
建议	呼吸道，，，，循环，grdevices，尼特，，，，rcurl，，，，RESHAPE2，，，，rmarkDown，，，，总结性特征，，，，幸存者，，，，测试，，，，平淡无奇
系统要求
增强
URL
BugReports	https://github.com/gabrielodom/pathwaypca/issues
取决于我
进口我	FCOEX
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	pathwaypca_1.12.0.tar.gz
Windows二进制	pathwaypca_1.12.0.zip
MacOS 10.13（高山脉）	pathwaypca_1.12.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/pathwaypca
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/pathwaypca
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/pathwaypca/
软件包下载报告	下载统计