Paxtoolsr

doi：10.18129/b9.bioc.paxtoolsr

通过Biopax和Pathway Commons访问多个数据库的访问途径

生物导体版本：版本（3.15）

该软件包提供了一组R函数，用于使用PAXTools和查询路径CONSON（PC）分子交互数据库与Biopax Owl文件进行交互。Pathway Commons是纪念Sloan-Kettering癌症中心（MSKCC），Dana-Farber癌症研究所（DFCI）和多伦多大学的一个项目。途径Commons数据库包括：结合，Biogrid，Corum，CTD，DIP，药物库，HPRD，Humancyc，完整，kegg，Mirtarbase，Panther，Panther，Phosphospedplus，Reactome，Reactome，Recon，Recon，TransFac。

作者：Augustin Luna [AUT，CRE]

维护者：Augustin Luna

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）Biocmanager :: install（“ Paxtoolsr”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

browsevignettes（“ paxtoolsr”）

html	R脚本	使用paxtoolsr
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯
版本	1.30.0
在生物导体中	Bioc 3.0（R-3.1）（7。5年）
执照	LGPL-3
要看	r（> = 3.2），rjava（> = 0.9-8），方法，XML
进口	utils，httr，，，，Igraph，，，，plyr，，，，rjson，，，，r.utils，，，，jsonlite，，，，readr，，，，Rappdirs
链接
建议	测试，，，，尼特，，，，生物使用，，，，格式，，，，rmarkDown，，，，rcolorbrewer，，，，foreach，，，，Dosnow， 平行，org.hs.eg.db，，，，clusterProfiler
系统要求	Java（> = 1.6）
增强
URL	https://github.com/biopax/paxtoolsr
取决于我
进口我
建议我	Netboxr
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	paxtoolsr_1.30.0.tar.gz
Windows二进制
MacOS 10.13（高山脉）
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/paxtoolsr
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/paxtoolsr
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/paxtoolsr/
软件包下载报告	下载统计