peco

DOI:10.18129 / B9.bioc.peco

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Bioconductor版本:Release (3.15)

我们的方法提供了一种使用scRNA-seq数据分配连续细胞周期阶段的方法，因此，允许识别基因表达水平沿细胞周期的循环趋势。该软件包提供了方法和训练数据，包括从诱导多能干细胞(iPSCs)的6个单个细胞系中收集的scRNA-seq数据，以及从FUCCI荧光成像数据中获得的连续细胞周期阶段。

作者:chiowen Joyce Hsiao [aut, cre]， Matthew Stephens [aut]， John Blischak [ctb]， Peter Carbonetto [ctb]

维护者:Chiaowen Joyce Hsiao < Joyce。xiao1在gmail.com>

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“peco”)

超文本标记语言	R脚本	用peco预测细胞周期阶段的一个例子
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯
版本	1.8.0
在Bioconductor	BioC 3.11 (R-4.0)(2年)
许可证	GPL (>= 3)
取决于	R (>= 3.5.0)
进口	为了，圆形，conicfit，doParallel，foreach，genlasso(>= 1.4)，图形，方法，并行，嘘，SingleCellExperiment，SummarizedExperiment，统计，效用
链接
建议	knitr，rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/jhsiao999/peco
BugReports	https://github.com/jhsiao999/peco/issues
全靠我
进口我
建议我
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构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	peco_1.8.0.tar.gz
Windows二进制	peco_1.8.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	peco_1.8.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/peco
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/peco
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/peco/
软件包下载报告	下载数据