periodicDNA

DOI:10.18129 / B9.bioc.periodicDNA

确定DNA序列中k-mers周期性出现的工具

生物导体版本:发布(3.13)

该R包帮助用户识别周期性出现在一组基因组位点(通常是调节元件)中的k-mers(如二核苷酸或三核苷酸)。该包的功能提供了一种直接的方法来发现DNA序列中周期性出现的k-mers，如调节元件。它的目的不是识别由保守距离分开的图案;这类分析请访问MEME网站。

作者:Jacques Serizay[法语，法语]

维护者:Jacques Serizay

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!require ("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("periodicDNA")

有关较旧版本的R，请参阅适当的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的软件包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“periodicDNA”)

超文本标记语言	R脚本	介绍periodicDNA
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯
版本	1.2.0
Bioconductor自	BioC 3.12 (R-4.0)(0.5年)
许可证	GPL-3 +文件许可证
取决于	R (> = 4.0),Biostrings，GenomicRanges，IRanges，BSgenome，BiocParallel
进口	S4Vectors，rtracklayer统计数据,GenomeInfoDb，magrittr，动物园，ggplot2、方法、并行cowplot
链接
建议	BSgenome.Scerevisiae.UCSC.sacCer3，BSgenome.Celegans.UCSC.ce11，BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm6，BSgenome.Drerio.UCSC.danRer10，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38，BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm10，网状，testthat，covr，knitr，rmarkdown，pkgdown
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/js2264/periodicDNA
BugReports	https://github.com/js2264/periodicDNA/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	periodicDNA_1.2.0.tar.gz
Windows二进制	periodicDNA_1.2.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	periodicDNA_1.2.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/periodicDNA
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ periodicDNA
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/periodicDNA/
包下载报告	下载数据