phyloseq

DOI:10.18129 / B9.bioc.phyloseq

高通量微生物群落普查数据的处理和分析

生物导体版本:发布(3.12)

系统seq提供了一套类和工具，以方便微生物组普查数据的导入、存储、分析和图形显示。

作者:Paul J. McMurdie ， Susan Holmes < Susan at stat.standford.edu >，由Gregory Jordan和Scott Chamberlain贡献

维护人:Paul J. McMurdie

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细节

biocViews	2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯
版本	1.34.0
Bioconductor自	BioC 2.10 (R-2.15)(9年)
许可证	AGPL-3
取决于	R (> = 3.3.0)
进口	ade4(> = 1.7.4),猿(> = 5.0),Biobase(> = 2.36.2),BiocGenerics(> = 0.22.0),biomformat(> = 1.0.0),Biostrings(> = 2.40.0),集群(> = 2.0.4),data.table(> = 1.10.4),foreach(> = 3),ggplot2(> =魅惑,igraph(>= 1.0.1)，方法(>= 3.3.0)，乘(> = 2.28.0),plyr(> = 1.8.3),reshape2(> = 1.4.1),尺度(> = 0.4.0),素食主义者(> = 2.5)
链接
建议	BiocStyle(> = 2.4),DESeq2(> = 1.16.1),genefilter(> = 1.58),knitr(> = 1.16),magrittr(> = 1.5),metagenomeSeq(> = 1.14),rmarkdown(> = 1.6),testthat(> = 1.0.2中)
SystemRequirements
增强了	doParallel(> = 1.0.10)
URL	http://dx.plos.org/10.1371/journal.pone.0061217
BugReports	https://github.com/joey711/phyloseq/issues
取决于我	微生物组,SIAMCAT
进口我	ANCOMBC,结合,gramm4R,HMP2Data,metavizr,microbiomeDASim,MicrobiotaProcess,PathoStat,完美的,RCM,reconsi,战,SPsimSeq
建议我	curatedMetagenomicData,decontam,HMP16SData,metagenomeFeatures,MMUPHin,philr
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	phyloseq_1.34.0.tar.gz
Windows二进制	phyloseq_1.34.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	phyloseq_1.34.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/phyloseq
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ phyloseq
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/phyloseq/
包下载报告	下载数据