Podkat.

DOI：10.18129 / b9.bioc.podkat.

位置依赖性内核协会测试

Bioconductor版本：释放（3.13）

此包提供了一个能够处理非常罕见甚至私人变体的关联测试。这是通过基于内核的方法来完成的，该方法考虑了变体的位置。该测试可用于预处理的矩阵数据，但也可以直接用于存储在VCF文件中的变体数据。可以进行全基因组，全面或仅限于预定义的感兴趣区域。该测试是通过用于分析和可视化结果的工具互补。

作者：Ulrich Bodenhofer

维护者：Ulrich Bodenhofer >

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.1”）并输入：

if（！percenamespace（“biocmanager”，squilly = true））install.packages（“biocmanager”）biocmanager ::安装（“podkat”）

对于旧版本，请参阅相应的生物导体释放。

文件

要查看系统中安装此包版本的文档，请启动r并输入：

Browsevignettes（“Podkat”）

PDF.	r script.	Podkat - 用于涉及稀有和私人变体的关联测试的R包
PDF.		参考手册
文本		消息

细节

Biocviews.	2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯
版本	1.24.0
在生物导体中以来	BIOC 3.1（R-3.2）（6年）
执照	GPL（> = 2）
依靠	R（> = 3.5.0），方法，RSAMTOOLS.（> = 1.99.1），Genomicranges.
进口	rcpp.（> = 0.11.1），并行，统计，图形，grdevices，实用程序，BioBase.那生物根系那矩阵那genomeinfodb.那绞喉那生物仪器那bsgenome.（> = 1.32.0）
链接到	rcpp.那rhtslib.（> = 1.15.3）
建议	bsgenome.hsapiens.ucsc.hg38.masked.那txdb.hsapiens.ucsc.hg38.knowngene.那bsgenome.mmusculus.ucsc.mm10.masked.那Gwastools.（> = 1.13.24），VariantAnnotation.那概括分析那kn
系统要求	GNU制作
加强
URL.	http://www.bioinf.jku.at/software/podkat/https://github.com/ubod/podkat.
取决于我
进口我
建议我
链接给我
建立报告

包档案包

跟随2021年欧洲杯比分预测 在r会话中使用此包的说明。

源包	podkat_1.24.0.tar.gz.
Windows二进制文件	podkat_1.24.0.zip.（32-＆64位）
Macos 10.13（高塞拉）	podkat_1.24.0.tgz.
源存储库	git clone https://git.biocumon.org/packages/podkat.
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.biocumon.org：包装/ podkat
包短网址	https://biocumon.org/packages/podkat/
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