pqsfinder

DOI:10.18129 / B9.bioc.pqsfinder

潜在四重体形成序列的鉴定

生物导体版本:发布(3.12)

Pqsfinder可检测可能折叠成分子内g -四重体(G4)的DNA和RNA序列模式。与许多其他方法不同的是，pqsfinder能够检测到不完美的G-runs折叠的G4s，包含凸起或不匹配或G4s有长的循环。Pqsfinder还为每个匹配到G4测序数据的命中值分配一个整数分数，该分数与折叠的G4的预期稳定性相对应。

作者:Jiri Hon、Dominika Labudova、Matej Lexa和Tomas Martinek

维护者:Jiri Hon < Jiri。亲爱的:gmail.com >

安装

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如果(!安装BiocManager::install("pqsfinder")

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文档

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browseVignettes(“pqsfinder”)

超文本标记语言	R脚本	pqsfinder:用户指南
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯
版本	2.6.0
Bioconductor自	BioC 3.3 (R-3.3)(5年)
许可证	BSD_2_clause +文件许可证
取决于	Biostrings
进口	Rcpp(> = 0.12.3),GenomicRanges,IRanges,S4Vectors、方法
链接	Rcpp,黑洞(> = 1.69.0)
建议	BiocStyle,knitr,Gviz,rtracklayer,ggplot2,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38,testthat,stringr,stringi
SystemRequirements	GNU, c++ 11
增强了
URL	https://pqsfinder.fi.muni.cz
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	pqsfinder_2.6.0.tar.gz
Windows二进制	pqsfinder_2.6.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13 (High Sierra)	pqsfinder_2.6.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/pqsfinder
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ pqsfinder
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/pqsfinder/
包下载报告	下载数据